श्रेक (माइक मायर्स) और फियोना (कैमरून दिएज) को खुशी काफी दूर लगने लगती है जब उनके ससुराल वालों से मिलने की उनकी यात्रा एक उल्लसित मोड़ लेती है। अपने वफ़ादार गधे (एडी मर्फी) की मदद से, श्रेक एक औषधि-प्रसंस्करण करने वाली परी गॉडमादर, भयानक प्रिंस चार्मिंग (रूपर्ट एवरेट), और ओग्र-किलर, पुस इन बूट्स (एंटोनियो बेंडरस) जो डरपोक है, उनसे लड़ता है।
