Lors d'un raid sur une réunion avec un délégué international où il soupçonne des faits de corruption et des activités criminelles, Daisuke Aramaki de la Sécurité publique rencontre une mystérieuse femme cyborg. Celle-ci se présente comme Motoko Kusanagi et propose au ministre de l'Intérieur la création d'une section spéciale. Aramaki confie à Kusanagi une première enquête test.

Recrutées par Aramaki, Kusanagi et son équipe deviennent l'« Unité spéciale ». Le cybercerveau de l'interprète du ministre des Affaires étrangères est infecté par un virus. Selon Aramaki, le colonel Mares, en exil dans le pays, tente de faire capoter une réunion secrète. Il ordonne à Kusanagi de remonter la trace du piratage pour trouver le coupable.

Kusanagi et Togusa appréhendent leur suspect après une course poursuite acharnée en Fuchikomas. Aramaki et Batou surveillent Mares alors qu'il reçoit la visite d'un hacker, le présumé Marionnettiste, qui est derrière l'infection commanditée par Mares.

Une gamme de robots promotionnels attaquent des humains. L'équipe de Kusanagi rassemble les robots et découvre un trait commun chez eux. Batou et Togusa vont à Hanka Précision où les robots sont fabriqués pour déterminer la cause des attaques.