Yabancı bir temsilciyle yapılan ve yolsuzluk şüphesi taşıyan bir toplantıya baskın düzenleyen Kamu Güvenliği'nden Daisuke Aramaki, gizemli bir sayborgla karşılaşır. Kendini Motoko Kusanagi olarak tanıtan sayborg, İç İşleri Bakanı'na yeni bir özel kuvvet birimi kurmayı teklif eder. Aramaki, ilk adım olarak Kusanagi'den bir şeyi araştırmasını ister.

Aramaki'nin kurduğu Kabuk Timi göreve başlar. Dış İşleri Bakanı'nın tercümanının siberbeynine virüs bulaşır. Aramaki, sürgündeki Albay Malles'in gizli bir toplantıyı sabote ettiğini sezer. Kusanagi'ye saldırının kaynağını bulup hack'i geri izlemesini emreder.

Kusanagi ve Togusa, Fuchikoma'larla nefes kesen bir kovalamacanın ardından şüpheliyi yakalar. Bu sırada Aramaki ve Batou, Albay Malles'i gözetlerken, virüsün arkasındaki hacker olan gizemli Kukla Ustası'nın onu ziyaret ettiğine tanık olur.

Promosyon robotlar insanlara saldırmaya başlar. Kusanagi'nin ekibi aynı seriden robotları toplar ve hepsinin ortak bir özellik taşıdığını keşfeder. Batou ile Togusa, saldırıların ardındaki sebebi bulmak için üretici Hanka Precision Robotik''e gider.

Ekip, savaş sayborgu Koil Krasnov'u izlemek için Kuzey Kutbu'na gider. Koil'in amacını ve Sagawa Elektronik'in yeraltı fabrikasının genişlemesindeki yolsuzluğu ortaya çıkarmak için Kusanagi şirkete sızar, Batou ve diğerleri fabrikaya yönelir.

Kusanagi ve erkek arkadaşı sebepsiz bir saldırıya uğrar, hastaneye kaldırılır. Kusanagi'nin ortak mazisinin olduğu terörist Toru Soma'dan şüphelenilir. Kusanagi ve Togusa hastaneden çıkar, takipçileri atlatır ve terk edilmiş fabrikada silahlı grupla çatışmaya girer.

Megatech Body'den kaçan bir robotu yakalayan 9. Bölge, içinde Kukla Ustası'nı bulur. Kukla Ustası, "bilgi denizinde kendiliğinden doğmuş bir yaşam formu" olduğunu açıklar. Siyasi sığınma talep eder, ancak hemen ardından kimliği belirsiz kişilerce kaçırılır.

Kukla Ustası'na dalıştan uyanan Kusanagi gerçeği öğrenir ama varlığını hissetmeye devam eder. Kabuk Timi terörist hücresinin teknesine baskın düzenler, Kusanagi lideri vurur. Daha sonra bunun bir hata olduğu ortaya çıkar.

Olayın görüntüleri medyaya sızdırılır, Kusanagi soğukkanlı cinayetle suçlanır. Ghorantl istihbaratının işin arkasında olduğundan şüphelenen Kusanagi tek başına soruşturmaya girişir, ancak kendini mahkemede bulur.

Protez vücudu vurularak yok edilen Kusanagi, bir beyin halinde Batou ile kaçar. Güvenli eve gidip yeni beden ararken, yok edildiği sanılan Kukla Ustası kilitlenme modundayken Kusanagi'nin zihnine bağlanır.