PRISON BREAK, EN BUSCA DE LA VERDAD

Michael Scofield es trasladado a la Penitenciaría Estatal de Fox River, siendo esto parte de un plan para liberar a su hermano, Lincoln Burrows, que está condenado a muerte por un crimen que no cometió: el asesinato del hermano de la vicepresidenta de los Estados Unidos.

Comienza a haber problemas entre las pandillas de la cárcel, y Michael se da cuenta de que necesita algo de ambas partes. Veronica Donovan ve la prueba que compromete a Lincoln por el crimen de Terrence Steadman.

Michael pone a prueba a Fernando Sucre, su compañero de celda, para ver si puede guardar el secreto del escape, pero el mismo no quiere formar parte de él. T-Bag quiere vengarse de Michael y John Abruzzi quiere averiguar la ubicación de Fibonacci, el hombre que lo envió a prisión.

Michael sigue trabajando en su plan, pero esta vez con su nuevo compañero de celda, "Haywire" Patoshik, quien es enviado desde el pabellón psiquiátrico. Cuando Sucre descubre que su primo Héctor está saliendo con su novia, decide formar parte del plan de escape para reencontrarse cuanto antes con ella.

Tras descubrir la relación ente Michael y Lincoln, los agentes Paul Kellerman y Daniel Hale tratan de transferir a Michael a otra prisión por medio de amenazas al Director Henry Pope. Michael decide con el equipo parte de la ruta de escape

Debido al retraso en el plan, Michael crea un disturbio entre los prisioneros para ganar tiempo, pero este se sale de las manos cuando T-Bag agranda los disturbios y pone en peligro a Lincoln, Sara Tancredi y al plan de escape.

Michael pone en peligro el plan de escape al salvar a Sara de los otros prisioneros, mientras Sucre, Abruzzi y T-Bag continúan con el mismo. Lincoln sufre un intento de homicidio. Veronica y Nick Savrin siguen investigando el caso con una nueva pista

Tras descubrir que los guardias están cerca de una parte vital del plan, Michael recluta a Charles Westmoreland al equipo. Veronica, Nick y LJ Burrows están en peligro debido a los agentes Kellerman y Hale

Michael protege a un joven prisionero de los ataques de T-Bag. El plan queda en riesgo tras la pérdida de la Prison Industries (un lugar de trabajo para los prisioneros), debido a que Abruzzi no cumplió con un favor a Philly Falzone. C-Note empieza a sospechar de los planes de Michael.

Abruzzi y Michael tratan de recuperar el control de Prison Industries, pero para esto Michael debería entregar a Fibonacci. C-Note ingresa al equipo por su cuenta. Veronica, Nick y LJ están bajo un nuevo peligro.

El equipo y los empleados de la cárcel – incluyendo a Sara – descubren que Michael tiene una esposa, la cual le trajo un elemento para ayudar al plan. Se trata de un matrimonio por conveniencia: él le provee la ciudadanía y ella lo ayuda a escapar. Westmoreland decide unirse al equipo. Veronica, Nick y LJ tratan de escapar de Quinn

Comienzan fricciones entre el equipo debido a que uno de ellos debe abandonar el mismo. Michael prepara el final del escape. Veronica recibe ayuda de una fuente inesperada.

El plan de escape está pronto, pero Michael no quiere continuar hasta sacar a su hermano del solitario, en desacuerdo con el resto del equipo. Veronica habla en la televisión sobre la conspiración, gracias a la información de un aliado de La Compañía. El equipo comienza a ejecutar el plan, pero falla.

A pocas horas de la ejecución de Lincoln, todos tratan de salvarlo: Michael trata de dañar la silla eléctrica, Veronica y Nick tratan de exhumar el cuerpo de Terrance Steadman, y Sara acude a su padre, el gobernador de Illinois, para que revea el caso

Tras el retraso de la ejecución gracias a pruebas brindadas por un anónimo, Michael modifica el plan de escape. Ahora debe averiguar cómo ingresar e investigar el ala psiquiátrica sin ser detectado.

Se muestran las historias de los integrantes del equipo previo al ingreso a la cárcel. Lincoln es parte de una conspiración en su contra. Michael se da cuenta del afecto que su hermano siente por él. También se muestra como Sucre, T-Bag y C-Note llegaron a la cárcel.

Al no responder a Pope y a Sara sobre el origen de su herida, Michael es enviado a confinamiento solitario, mientras Sucre debe arriesgarse para que el plan no falle. Veronica y Nick encuentran nuevas informaciones. LJ decide vengarse por cuenta propia

Ya en el ala psiquiátrica, Michael debe hacer que Haywire recuerde la parte del tatuaje que se perdió. Geary pone en venta la celda de Michael y Sucre, por lo cual el equipo debe juntar dinero para comprarla. Lincoln está a punto de ser transferido

Lincoln es rescatado por su padre tras el accidente, y este le informa sobre la conspiración en su contra. Michael necesita la llave de la enfermería para completar el plan, pero se enfrenta a un inesperado obstáculo. Abruzzi regresa a Fox River

Luego de que Bellick descubre el plan, el equipo decide adelantar el escape. Al no tener muchas opciones, Michael agrega a Sara al plan de escape. Tweener se incorpora al equipo. Veronica encuentra pruebas que la llevan a Blackfoot, Montana

Michael traiciona a Pope para que libere a Lincoln del solitario. Sara debe decidir si ayuda a Michael. Veronica se da cuenta de que Nick es parte de la conspiración. Finalmente el equipo escapa de la prisión

Ya fuera de la prisión, los ocho convictos comienzan su huida. La vicepresidenta Reynolds es abandonada por La Compañía, y toma el asunto en sus manos. Veronica viaja a Blackfoot para solucionar la conspiración.