ブラックリスト

リズの死から2年後。クーパーはアグネスの養父となり、レスラーはデトロイトに帰郷。アラムは友達と起業し、パクはFBI教官に、デンベはFBI捜査官になっていた。潜入捜査で最先端マイクロチップを盗もうとした男を取り逃がしたデンベは大やけどを負い、相棒は射殺される事件が発生し、「巨悪」レッドを失った世界で悪の暴走の始まりが告げられるのであった。

台湾の技術者チェンと家族を誘拐した「スキナー」は、家族を人質にチップ製作用のソフトウェアをチェンに盗ませる。DC支社にチェンが出社したことを知った、アラムたちはチェンの身柄とソフトウェアを確保するが、パナベイカーにソフトウェアを渡すよう迫る。

ローマで聖なる遺物が盗まれ、警備員が殺される事件が起きる。レッドはブラックマーケットでその遺物を落札し、出品者と会うことを画策する。その出品者の正体は、レッドの詐欺の師匠であり、過去にレッドを騙したロバート・ヴェスコだった。

レッドからの電話で車の中で目を覚ましたクーパーは、なぜ駐車場で寝ていたかの記憶がなく、自分の銃から銃弾が1発発射されていたようだった。妻のかつての不倫相手ダグが殺されたことを知ったクーパーは友人に自分の銃の弾道検査を頼むと、ダグを殺したのは自分の銃から発射された銃弾だったと分かる。

国防高等研究計画局のエネルギー兵器が盗まれ、開発チームにいた科学者がその武器で1人ずつ殺される事件が起こる。事件現場で見つかったメモから容疑者の次の行き先が判明し、さらに現場にある防犯カメラ映像には怪しい青いバンが映っていた。

国会議員の隣にいた環境保護活動家が撃たれて死亡。当局は議員を狙ったスナイパーのミスだと考えるが、レッドは標的はもともと保護活動家であると言う。

2年前、リズを目の前で失ったレスラーはレッドを追いかける途中で大事故を起こす。このことをきっかけにFBIを辞め、鎮痛剤に依存するようになったレスラーは、町から町へ移っては鎮痛剤を手に入れる生活を送る。

ドーピング検査で問題のなかったプロ・テニス選手が、ある日、薬の打ち過ぎで死亡する事件が起こる。レッドは世界で長年アスリートのドーピング検査のすり抜けを手伝ってきたラズミック・マイヤーという薬学博士が関係していると言う。

レッドの港の重要人物が3人殺され、レッドはチームに助けを求める。さらに、リズを守れなかったデンベをチームから外せと要望するが、クーパーに断られる。デンべの情報では、殺された3人はレッドが使う東海岸の4つの港の責任者であり、次に狙われるのは最後の1人ロウラーだと、レスラーと急行するが…。

レッドの仲間へディが逮捕され、レッドはチームに「シーアー」を捜査させる。逮捕されたヘディはマーヴィンでも釈放させることができず、検事側はレッドをを売れば身柄を守る、話さなければ最低でも刑務所で20年だとヘディを脅す…。

レッドはチームに「コングロマリット」という暗殺者集団を追うように指示。捜査を進める中で、メンバーの中に「コングロマリット」と繋がりがある者がいることが判明する。

リズの遺体に隠された発信機を見つけるために、レッドはクーパーにリズの遺体を掘り起こして解剖するよう求めるが……。

レッドはクーパーを呼び、最近自宅で死んだウォーレン大使が「ジェニュイン・モデルズ」から来たコールガールと寝ていて死んだことをほのめかす。チームはレッドが紹介したコールガールのマダム、フレドリカを呼び話を聞くのだが……。

行方不明だったパナベイカーの義理の娘シーラが瀕死の状態で見つかる。パナベイカーはレッドに協力を依頼し、チームは捜査を開始する。

アンドリュー・ケニソンの居場所を特定したレッドはチームに捜索するよう指示。クーパーは自分がケニソンを匿っていることを言い出せず、チームにケニソンの大学へ行くよう指示するが、レスラーたちはすぐにクーパーの隠し事に気づく……。

レッドたちはレジナルド・コールのオフィスに侵入し、「バスチョン要塞」という一流犯罪者しか利用できない金庫施設の鍵を発見する。設計者ヘレン・マグヒーに施設への侵入に協力するよう頼むが、マグヒーは自分が技術提供した強盗団がFBIに逮捕され、彼らに名前を出されるのではと人目を避けており……。

アラムが母親に電話している途中に誘拐される。母への留守電に「エル・コネホ」という名前が残っていた。DVDを入れていた金庫があるモンテネグロの別荘に来ていたレッドは、エル・コネホがドン・マルケスというメキシコのカルテルのボスであることをチームに告げる。

ジマーストールから「同じ金庫をミスター・キャプランに頼まれた」と聞き、ケイトの姉妹モーリーンを訪ねるレッド。モーリーンはケイトから連絡はないが、恋人のクララ・ムーアなら知っているのではと言う。

本部長扱いになってから精神に不調をきたしたアラムは、レッドが紹介した「幻覚剤を使ったセラピー」を受ける。するとアラムは夢の中で仲間が襲われて全員を死なせる夢を何度も見ることになり…。

ラクロイとコール殺しの暗殺代金は、移動する飛行機の中の銀行「ケーラム銀行」のレッドの口座から支払われていた。レッドのごく近くの者が疑われる中、レッドはデンベらチームを巻き込んでケーラム銀行の頭取グラマシーから犯人を聞き出そうとするが、グラマシーは口を割らず…。

突然ウィーチャが倒れたのは、スナイパーに狙われる姉を見たショックで血液が肺に漏れ出したことが原因だった。倉庫でミアースが付き添いながら治療が続く。まだそばにいてくれと頼むレッドの顔にミアースは戦いと死の神の模様を描く。

カルペパー地方空港では逃げたマーヴィンだが、FBIチームが別の飛行場にいるのを発見し逮捕する。マーヴィンはパナベイカーに、自分をレッドの後釜にして免責し、レッドを逮捕することを提案する。