Di musim kelima The Last Ship, dunia akhirnya pulih dari virus mematikan ini, tetapi gejolak politik dunia masih membara. Tom Chandler pensiun dan mantan awaknya berpencar. Banyak yang naik pangkat di Angkatan Laut. Sasha Cooper, Letnan Danny Green, SBS WO-N Wolf Taylor, dan Sersan Azima Kandie menjalani misi rahasia di Panama. Saat dituduh menyerang presiden Panama, dampaknya sangat mengerikan.
