Isinalaysay sa pelikula ang kuwento ng dalawang tubero sa Brooklyn na magkapatid at matalik na kaibigan: si Mario, ang matapang na may "let's-a go" na ugali, at ang laging balisa na si Luigi, na mas gustong pumunta saanman. Nagbubukas kami kasama ng Super Mario Brothers na tumutugon sa kanilang nahihirapang negosyo sa pagtutubero, at nauwi sa isang whirlwind adventure sa Mushroom Kingdom.
