Conoceremos a Ryuko Matoi, una jovencita de carácter muy fuerte que está decidida a encontrar el origen de un objeto que lleva consigo. Para ello tendrá que llegar a un misterioso pueblo e inscribirse en su principal escuela. Allí se topará con algunas personas extrañas pero muy poderosas, a las que tendrá que encarar si decide seguir manteniendo su carácter.

Ryuko aprende un poco de cómo funciona la sociedad y el control que ejerce la Academia Honnouji con Satsuki a la cabeza. Ryuko vuelve a la escuela para enfrentarla, pero se ve obligada a jugar un violento partido de tenis.

Habiendo cumplido su parte del trato, Ryuko exige a su profesora, Aikuro Mikisugi, que le dé respuesta. Así descubre el secreto tras el poder de Senketsu y los Uniformes Goku. Satsuki Kiryuin vuelve a casa para reclamar su poder.

En la Academia Honnouji cada tanto se celebra un evento en el que los alumnos Sin Estrella deben llegar antes de cierta hora a la escuela, superando un gran número de trampas puestas por el comité disciplinario. Ryuko deberá hacerlo sin Senketsu, quien está siendo lavado.

Un misterioso hombre ataca a Ryuko, con el fin de que deje de vestir a Senketsu. Por otro lado, sigue sufriendo los constantes ataques por parte de los miembros de los distintos clubes de la academia.

Esta vez Ryuko se enfrentará a uno de los Cuatro de Élite, Sanageyama, un viejo conocido de Satsuki que domina el kendo.

Los presidentes de los clubes más desopilantes atacan a Ryuko uno tras otro para así poder mejorar su estilo de vida, esto le da a Ryuko la idea de forma su propio club para así obtener esos mismos beneficios.

Satsuki decide hacer una competencia para reformar el consejo estudiantil, y le otorga siete días a los estudiantes para que peleen y avancen hacia esos puestos. En ese tiempo, Ryuko visita su vieja casa para encontrar pistas de su pasado, y en el camino de vuelta se encuentra a Gamagoori, quien le cuenta su pasado con Satsuki.

La ronda final en las Elecciones Naturales de la Academia Honnouji está a punto de comenzar, y los Cuatro de Élite quieren ser los primeros en luchar contra Ryuko.

Comienza la segunda batalla contra los Cuatro de Élite. ¿Cómo vencerá Ryuko a Houka Inumuta, que usa todos los datos recogidos para predecir sus movimientos? ¡Mako y su familia también tendrán que lidiar con ciertas sorpresas!

Ryuko logra resolver su batalla contra Jakuzure, cuando una chica misteriosa aparece en la Academia Honnouji para desafiar a Ryuko.

Después de enterarse de quién mató a su padre, Ryuko pierde el control y se deja poseer por la prenda divina. Mako y Satsuki salen a detenerla, mientras Nui disfruta de la experiencia.

Ryuko está en la cama y ha perdido su voluntad de luchar tras los últimos descubrimiento, sin embargo, Shinjiro Nagita, antiguo miembro del club del periódico, está dispuesto a que la chica se ponga de nuevo su uniforme.

Con Senketsu en manos del enemigo, comienza el ataque sobre la región de Kansai. ¿Qué podrá hacer Ryuko entonces?

Satsuki Kiryun se une a la línea de ataque en Osaka para enfrentarse a Kaneo Takarada, heredero del Conglomerado Takarado. Usando la influencia del dinero, Takarada insta a los locales a luchar, pero Satsuki sospecha que hay otro poder tras las defensas de la ciudad.

Tras los ataques, todos vuelven a la Academia Honnouji, pero Satsuki Kiryuin recibe la orden de volver a casa. Ryuko mientras tanto descubre la verdad tras los eventos que la reunieron con Senketsu.

Los preparativos están listos para celebrar el Festival Cultural y Deportivo de la Academia Honnouji. Ragyo Kiryuin asistirá, y toda la academia está eufórica. Pero ¿cuáles son las intenciones reales de Ragyo y Satsuki para el evento?

El Festival Cultural y Deportivo de la Academia Honnouji es interrumpido abruptamente. La suerte está echada en la batalla y Ryuko deberá decidir quién es amigo y quién enemigo. ¿Podrá resistirse al poder de las Fibras Vivas de Combate?

Una nueva revelación pone patas arriba el mundo de Ryuko. Pero Satsuki también tiene problemas, pues los Cuatro de Élite y los miembros de Nudist Beach arman escándalo tras el final del Festival Cultural y Deportivo de la Academia Honnouji.

Ryuko está despierta, y no está feliz. Intenta matar a Ragyo y Nui, y se marcha abandonando a sus aliados. Sin su poder, Nudist Beach debe decidir cuál será su siguiente paso, pero una información les hará saltar a la acción.

La ira de Ryuko sigue creciendo, y gracias a Ragyo y Nui, tiene una nueva aliada inesperada. Con Satsuki como objetivo, ¿podrán los Cuatro de Élite y Nudist Beach soportar la embestida?

Un giro de los acontecimientos deja a Nui Harime con la guardia baja y permite que Nudist Beach tenga opción a reagruparse y planear cómo luchar contra Ragyo. ¿Podrán Ryuko y Satsuki dejar a un lado sus diferencias?

La batalla sigue en la Academia Honnouji, pero Ragyo y la Fibra Viva de Combate original son enemigos difíciles de batir. Ryuko y Satsuki parten a enfrentarse a ellas, y la defensa de Nudist Beach queda a cargo de... ¿Mako? Nui por su parte sigue trabajando sin descanso.

Llega el combate final. ¿Podrán Ragyo y Nui acabar con el mundo, o Ryuko y el resto podrán detenerlas?