NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

DCのチームはあらゆる手を尽くし、必死に行方不明の仲間を捜索する。シーズン12の幕開け。

ホワイトハウスから程近い公園で、海軍少佐ウォレスの死体が発見される。付近では強盗事件が多発しており、刃物を持った犯人が目撃されていることから、ダッキーは刺殺された死体を見て強盗致死だと推測。その直後、被害者の携帯電話に驚くべき人物から電話がかかってくる。ギブスたちが捜査を進める一方で、心ここにあらずのヴァンス。彼は健康診断のレントゲンで肺に影が写り、リンパ腫の可能性があると告げられていた。

車が爆破され、運転していた男性が死亡。現場からは軍の機密文書が発見され、さらに車を借りたのがダッキーの若かりし頃の親友アンガスだということが分かる。沈痛な面持ちで検視に臨んだダッキーは、それが別人の遺体だと知って安心するが、アンガス自身もイギリスで行方をくらましていることが判明。ダッキーは事件の真相を探るべくビショップと共にロンドンに飛び、そこで特別な女性との再会を果たすのだった。

海軍研究者が特殊なワイヤ装置で殺害される。ＮＣＩＳが捜査を始めた矢先、海軍長官がヴァンスとギブスを秘密裏に招集。そこにロシアのパヴレンコ参事官が現れ、今回の事件の被疑者の捜索を依頼する。被疑者はロシア人の女性科学者で、被害者の元研究仲間であり、ロシアでも同様の殺人を犯したという。捜査には人捜しを専門とするＦＢＩ捜査官レイアも加わるが、時系列の問題が浮上し、マクギーとビショップは新たな仮説を立てる。

船上で訓練を行っていたギブスとＣＧＩＳ捜査官のボーリンは、海に浮かんでいる水死体に気づく。被害者は貨物船サン･ドミニク号に乗っていたことが分かるが、船は針路をそれて航行しており無線にも応答がないため、軍艦で追いかけることに。そしてサン･ドミニク号に乗船したギブスは、船長や船員の不審な様子から恐ろしい事実を悟る。ＮＣＩＳではマクギーが代理のボスに任命され、ビショップやアビーと共に調べを進める。

ＳＥＡＬ隊員の妻であり精神科医のヴァレリーが殺害される。第一発見者は10歳の娘レイチェル。父親ライアンが命を狙われているとおびえるレイチェルに対し、ギブスは危険な目に遭わせないと約束する。捜査が進展する中で、ライアンがテロリストのウェブサイト上で標的になっていたことが発覚。そこでマクギーが爆弾の専門家を装い、ウェブサイトの制作者をおびき出すことになるが、その潜入捜査には意外な展開が待ち受けていた。

海兵隊の元特務曹長ホーキンスが自宅で殺害される。遺体の手にはベトナム戦争で戦死したケント三等軍曹の認識票が握られており、ホーキンスが彼の遺骨を回収しようとしていたことが明らかに。ギブスたちは殺人犯を追う一方で、専門機関と協力してケントの遺骨を捜し始める。そんな中、ギブスから９ヵ月間の研修の評価を受け取ったビショップ。100点中82点という高評価に気をよくするが、その点数には隠された意味があった。

三等兵曹ヒックスが乗っていた車がフェンスを突き破って転落。ヒックスは死亡するが、その場に居合わせた元衛生兵のアナが手当てをし、同乗者たちの命を救う。ところが海軍の衛生兵は国内で民間人と同じ扱いになるため、アナは無免許の医療行為を行った罪で逮捕されてしまう。ギブスは彼女や被害者の証言から追突事故だと考え、事件を引き起こした犯人を追うことに。その一方で、アナを救うために弁護士のキャリーに助けを請う。

感謝祭を海外で過ごすため、季節外れの大雪の中、ダレス空港に向かったビショップと夫のジェイク。父を迎えに来ていたトニーと合流したあと、ビショップはターミナル内で見覚えのある男と遭遇するが、彼が何者か思い出せない。そんな中、アメリカの空港を対象にしたテロ関連の通信が傍受され、ギブスはトニーに警戒するよう指示。大雪で飛行機が遅れ、空港に車も出入りできない中で、警戒レベルが徐々に上がっていく。

クリスマスに父あての手紙を書くことにしたマクギーは、その前週に起きた特殊な事件について語り始める。事件の発端はクランプスというハッカーによるインターネット障害で、アビーは現在服役中のケヴィン、ハイディ、カーンが過去にクランプスと関係していたことを突き止める。クランプスの正体を暴くため、ギブスはその囚人たちから話を聞くようマクギーに命じるが、ＮＣＩＳに集められた３人は協力するそぶりを見せない。

レストランで５名の軍人の遺体が発見される。銃撃戦が行われたと見てギブスたちが現場検証をしていると、そこにギブスの元妻であるダイアンとレベッカが現れる。初めて見るレベッカの姿に、好奇心むき出しのトニーたち。レベッカはギブスと話がしたいと要求するが、ギブスは彼女を避けて自宅に帰ってしまう。一方、銃撃戦の被害者たちを調べると、５人全員が税金を滞納中で、ある会計事務所とのアポが入っていたことが分かる。

シリアで拘束されていたアメリカ人女性が特殊部隊に救出され、無事に帰国する。しかしアビーが現場のライフルを分析すると、テロリストの中にアメリカ人の青年ナスリーが含まれていたことが発覚。自国の若者がテロ組織に勧誘されている現状を目の当たりにしたギブスたちは、ナスリーの動向について調べを進める。ダイアンの死後、休職していたフォーネルも、以前ナスリーを取り調べたという経緯から捜査に参加することに。

海軍建設工兵隊の大尉カッツラーが殺害される。彼は同性愛者で、第一発見者は夫であり警官のヴィンス。カッツラーはアフガニスタンで手榴弾に身を投じ、重傷を負いながらも仲間を救ったという経緯から、名誉勲章の候補者になっていた。その選考のために調査していたホリス･マンもＮＣＩＳの捜査に加わるが、ギブスは彼を心配するホリスに心を開こうとしない。その一方でブリーナの陣痛が始まり、パーマーは病院に駆けつける。

森の中で海兵隊員ウォリスの遺体が発見される。ウォリスはトニーと同じレミントン士官学校の出身で、死亡前に学校の寮から着信があったため、トニーはビショップと共に母校を訪ねることに。２人はかつてトニーを指導したタナー校長に出迎えられ、彼が語るトニーの意外な過去に驚くビショップ。そして、ウォリスが死亡時に士官学校の女生徒の写真を握りしめていたことが発覚するが、彼女は何と10日前に自殺を図っていた。

各国の要人が乗船中の軍艦で爆発が発生。現場からはロシア語が書かれた手榴弾の破片が発見され、さらにタイミングを見計らったかのようにロシア参事官パヴレンコが現れたことから、ギブスはセルゲイ･ミシュネフの関与を疑う。それを知ったフォーネルも捜査に参加してダイアンの敵を討とうとするが、ヴァンスは酒におぼれているフォーネルが周囲に危険をもたらすと判断。そこでギブスはフォーネルを連れて捜査を離れることに。

民間人の射殺事件でＮＣＩＳが出動要請を受ける。被害者の名前はリーランド･Ｒ･スピアーズ。それはギブスがＮＩＳ時代に潜入捜査で使っていた偽名だった。リーランドの車にはＧＰＳ発信器が仕込まれていたが、彼の自宅にあるのはスポーツグッズやゲームばかりで、身元が分かるものが見つからない。元局長のモローに事情を聞いたギブスは、偽名がＣＩＡの女性によって提供されたものだと知り、ビショップと共に彼女に会いに行く。

国防兵站局で海軍大尉が殺害される。アビーの分析により、現場のオフィスから絵画｢チェサピーク｣が盗まれ、贋作とすり替えられていたことが発覚。ギブスたちは絵画目的の事件だと考えて捜査を進める。折しも、婚約者に別れを告げられたシニアがトニーを訪ねてきており、美術界の裏社会について解説することに。さらにトニーの心配をよそにシニアも捜査に参加することになり、マクギーと親子を装って贋作者の元を訪ねる。

軍人の留守宅で女性が殺害される。当初は軍人の妻かと思われるが、指紋を照合した結果、被害者が押し込み強盗の常習犯であることが発覚する。死体には謎のロゴが残されており、それを見たマクギーはドバイにいるデライラに連絡。そのロゴはテロ組織"ドラゴンの歯"のものであり、デライラのチームがその組織を追いかけていることが分かるが、チームのリーダーであるラフィはギブスたちに協力する姿勢を見せない。

海軍二等兵曹ハーヴェイとコロンビア人女性が射殺される。しかし海軍の記録にハーヴェイの名前はなく、指紋も一致しない。その後、被害者２人が乗っていた車がレクス･タリオニス作戦に使用されたことが分かり、ギブスとトニーは血相を変えてＭＴＡＣへ。マクギーとビショップは一旦入室を拒否されてしまうが、チーム全員で捜査を行うことになり、レクス･タリオニス作戦が約40年前の空港爆破事件に関連したものだと知らされる。

海兵隊員がバイクで走行中、何者かに射殺される。凶器がＡＴＦの"ワイルド･スピード作戦"に使われた拳銃だったため、ゾーイがＮＣＩＳの捜査に加わるが、作戦が大失敗に終わったという経緯からＡＴＦ捜査官たちは協力を拒む。さらに被害者のバイクはガス欠状態だったが、なぜか給油せずに走り続けていたことが発覚し、謎は深まるばかり。一方、ヨーロッパ帰りのシニアがトニーの元を訪れ、ゾーイを交えて食事することになる。

ギブスとビショップはアフガニスタンに飛ぶ。DCで起きた海兵隊員殺害が、テロリストによる別の海兵隊員の人質事件と関連していることが判明したのだ。

海軍のウィルト少尉が車で店に突っ込み、死亡する。事件当日、彼女は高校のバスケ部でボランティアをしており、その帰り道に車内でノドを切られたことが発覚。少尉の個人情報は機密扱いになっていたが、やがて麻薬組織の摘発に関わっていたことが明らかに。一方、彼女のパソコンが何重ものセキュリティで保護されていたため、マクギーはサイバー犯罪部のドーニゲットを招集。そのパソコンが捜査を意外な方向へ導いていく。

自爆した少年ブラッドが、コーリングという組織と関わっていたことが判明。彼らは子供の勧誘に力を入れており、さらに闇ルートでＳ-マインという地雷を探していたことから、ＮＣＩＳは各機関と連携してコーリングの狙いを探り始める。ギブスは武器商人バヤルを呼び出し、Ｓ-マインに関する調査を依頼。その一方で、マクギーとドーニゲットはインターポールが主催するシンクタンクに参加するため、エジプトのカイロに飛ぶ。

ドーニゲットの死を受けて、彼の母親であるＣＩＡのティーグ局員がＮＣＩＳの捜査に参加。ギブスと共に少年ルークから情報を得ようとするが、彼はなかなか心を許さず、ギブスはマイク･フランクスの幻覚を見るようになる。一方、ドーニゲットの遺体から地雷に使われたチタンが検出されたため、トニーとビショップはその輸入元である航空宇宙会社へ。マクギーとアビーはテロ組織コーリングが子供たちに送っていた音楽を分析する。