Emily Byrne probeert haar tijd in gevangenschap en haar tumultueuze verleden te verwerken. Ondertussen wordt Boston opgeschokt door een dodelijke, terroristische aanval, waardoor special agent Nick Durand en de FBI bij de zaak betrokken worden.

Terwijl Nick op zoek gaat naar de aanvaller op het overheidsgebouw, ontmoet Emily een schimmige figuur uit het verleden, wier aankomst haar fragiele herstel bedreigt.

Nog duizelend van een schokkend verlies moet Emily terug naar de FBI om antwoorden te vinden.

Nicks klopjacht op de aanvaller van het overheidsgebouw laait op, terwijl Emily en Cal aanwijzingen naar de Fentanyl-moordenaar onderzoeken.

Nu de Fentanyl-moordenaar meer slachtoffers maakt, vrezen Emily en Cal dat ze het volgende slachtoffer niet mogen verliezen.

Emily en Cal reizen naar Moldavië om de Fetnanyl-moordenaar op te sporen, een taak die gevaarlijker is dan verwacht.

Terwijl Emily en Cal naar het platteland reizen, worstelt Nick met een enorme leugen.

Terug in Boston maakt Emily's verdriet plaats voor een doel, als ze een aanwijzing ontdekt die Rex Wolfe verbindt met het mysterie van haar gevangenschap.

Emily realiseert zich dat Rex Wolf werkte voor iemand die verbonden was met haar verleden en haar heden. Ze vindt uit dat ze op Nick kan rekenen voor hulp, maar hoe kan ze de puzzel begrijpen? Emily grijpt terug naar extreme maatregelen wanneer ze beseft dat de dreiging dicht bij huis ligt.

Emily raakt op een doodlopende weg, maar vermoedt dat het nog niet voorbij is, en volgt de resterende flarden van bewijsmateriaal op naar een schokkende seizoensclimax.