大冒険がはじまる！ 大都会ニューヨークはセントラルパーク動物園の人気者、ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは仲良し4頭組。ある日、大自然にあこがれていたマーティはペンギンズの計画にのって動物園から大脱走！ 逃げ出したマーティを残りの3頭が追いかけたはいいけれど、ニューヨークのど真ん中で4頭とも人間に捕まって船で連れ去られてしまう。しかし、船から落ちてたどりついた先は……なんと、アフリカのマダガスカル島!! エアコン、ごちそう、エステにサプリメントが大好きな都会生まれの4頭は、自然の中では生きられない！ どうやったらこの島から脱出できるのか？ 弱肉強食の自然界で見つけた一番大切なものとは!?
