Le jeune Shinoha Tanaka, qui ne rit plus, rencontre Kiwami Kimura, un employé de bureau qui partage son amour des animes. Ils s’entendent bien mais font en fait partie de deux groupes rivaux depuis l’époque Edo, les ninjas et les gokudo ! “Si vous dépassez les limites du milieu, les ninjas accourent.” Ninjas ou gokudo, qui survivra ? Qui périra ?

Kaiza Akiba, des Huit Ninjas impériaux, interrompt la réunion des gokudo visant à planifier l’élimination des ninjas. Sa Lame des ténèbres décapite de nombreux gokudo en un instant, ensanglantant la pièce. Kiwami reste calme, ce qui énerve le gokudo restant. Alors que ces deux guerriers s’apprêtent à s’entretuer, leurs pensées sont ailleurs… Avec Shinoha.

Nodoka Matsumoto, des Huit Ninjas impériaux, et Kousei Yuzawa, des Huit Gokudo de la destruction, se battent à la mort à Kabuchika, un ancien club clandestin de Kabukicho. Qui survivra ? Se précipitant pour aider Nodoka, Shinoha rencontre le jeune gokudo Keisuke. Keisuke n’a jamais tué. Shinoha veut l’épargner, mais la détermination de Keisuke le force à agir.

Brûlants de haine après Kabuchika, Shinoha et Kiwaimi font un tour nocturne en voiture. Ils apprennent qui l'autre a perdu tout en discutant de _Princess Flash_ et se font une promesse. Des leaders des deux groupes, les frères ninjas au Sang maudit et le "dieu" bosozoku des gokudo, mobilisent leurs troupes. Impossible d'échapper à cette bataille mortelle du destin !

"Je réaliserai notre rêve !" Souhaitant retrouver leur âge d'or, le "dieu" bosozoku Hiroki Yajima réunit un gang de 30 000 motards qui dévalent l'autoroute Teito, la noyant dans le sang et les flammes ! Mais Zanzo et ses ninjas sont prêts à se battre et attendent à cinq endroits de l'autoroute pour affronter le Seikaten, l'armée dévastatrice du gang des motards.

Yajima joue avec Shinoha et lui perce le crâne avec son Pistolet dansant. Shinoha risque sa vie… mais survit de justesse ! La force du ninja impressionne Yajima, qui s'énerve lorsque Shinoha lui dit que ses regrets expliquent qu'il se déchaîne et saccage tout. Acculé par la puissance monstrueuse de Shinoha, les souvenirs de sa fille chérie lui reviennent.

Shinoha et Kiwami pleurent leurs camarades décédés. Gamute reste près de sa maman. Tous sont assoiffés de sang. Grâce à Shiki, Shinoha apprend la compétence secrète de Gamute, ce qui renforce sa détermination. Shinoha tombe par hasard sur le Premier Ministre, Kanschichi Aida, incognito au Magasin Princesse. L'histoire continue.

Shinoha est à la remise des prix à la résidence du Premier Ministre. Kiwami y célèbre cet honneur avec son ami, mais le cauchemar commence lorsque les Enfants de verre attaquent subitement le bâtiment. Gamute enclenche un jeu mortel qui implique des civils, et la roue du destin tourne pour Shinoha et Kiwami.

En entendant une femme appeler à l'aide, Uryu se précipite seul à son secours mais rencontre Ange et Busu. Prévoyant ses mouvements, ils acculent Uryu en associant leurs techniques. Mais Uryu est d'humeur pugnace. Puis Sako apparaît…

Shinoha et Kiwami combattent Ballon d'or ensemble. Ils se font confiance tout en dissimulant leur véritable identité. Ensemble, ils parviennent à lire la technique gokudo de leur adversaire et détruisent son ballon bien-aimé ! Devant la rage de Ballon d'or, Kiwami essaie de laisser Shinoha s'échapper.

Bien décidé à tenir sa promesse faite à Shinoha, Kiwami affronte Prima, malgré ses propres entrailles en lambeaux. Il sait que la technique gokudo de Prima est une illusion, mais son attaque le submerge. Il est à nouveau gravement blessé. Dans la panique, il a une vision de Yuzawa ?!

Le deuxième round du combat entre Shinoha et Gamute commence. Shinoha utilise la technique de Kiwami, ce qui mène Gamute à vouloir le tuer au péril de sa propre vie. Après avoir pris frauduleusement un double ticket pour l'Enfer, Gamute a une vision de ses amis pendant qu'il saute sur Shinoha.