Saat melakukan penyerbuan ke rapat antara perwakilan asing yang dicurigai terlibat korupsi dan kriminalitas, Daisuke Aramaki dari Keamanan Publik bertemu seorang siborg misterius. Dia memperkenalkan dirinya sebagai Motoko Kusanagi dan mengajukan proposal pembentukan satgas khusus baru untuk Kementerian Dalam Negeri. Aramaki memintanya menginvestigasi sesuatu.

Kusanagi dan timnya mulai beroperasi sebagai Satgas Shell setelah direkrut oleh Aramaki. Suatu hari, otak siber dari penerjemah Menteri Luar Negeri terjangkit virus. Aramaki menduga bahwa Kolonel Malles, yang mencari suaka, mencoba mengganggu sebuah rapat rahasia. Kusanagi diperintahkannya untuk menelusuri balik dan menangkap peretasnya.

Kusanagi dan Togusa menangkap tersangka mereka setelah mengejarnya dengan Fuchikoma. Di tempat lain, Aramaki dan Batou mengintai Kolonel Malles saat dia dikunjungi oleh orang yang dicurigai sebagai Puppet Master, peretas yang mengirim virus atas perintah Kolonel.

Beberapa sampel robot promosi menyerang manusia. Tim Kusanagi mengumpulkan beberapa robot dari model yang sama dan menyadari akan sebuah kesamaan. Batou dan Togusa pergi ke Hanka Precision Instruments, tempat produksinya, untuk menyelidiki alasan di balik serangan tersebut.

Kusanagi dan timnya pergi ke Utara Jauh untuk mengamati siborg tempur bernama Koil Krasnov. Untuk mengetahui tujuannya dan menguak korupsi di balik pengembangan pabrik bawah tanah Perusahaan Elektronik Sagawa, Kusanagi menyusup ke kantor Sagawa sementara Batou dan yang lain menuju ke pabrik bawah tanah itu.

Kusanagi dan pacarnya dibawa ke rumah sakit setelah diserang mendadak. Mereka mencurigai Toru Soma, teroris yang menaruh dendam terhadap Kusanagi. Kusanagi dan Togusa meninggalkan rumah sakit, dan setelah memancing pengintai mereka, keduanya bertempur melawan kelompok bersenjata di sebuah bekas pabrik.