Mens Hanna skjuler Clara i de store skove i det nordlige Rumænien, overføres de resterende elever til en uddannelsesfacilitet, Meadows, hvor de får nye identiteter. Marissa går i gang med at finde Clara ved at posere som hendes mor online og lokke hende til et hotel i Bukarest, hvor hun falder i et baghold og bliver taget til fange af Utrax. Hanna følger efter og bliver genforenet med Marissa.

Marissa og Hanna vender tilbage til Paris, mens Clara introduceres på Meadows - men hendes oprørske natur skaber problemer, og Terri får til opgave at overtale hende til at deltage i programmet igen. Hanna leder efter Clara og finder medicinalfirmaet, der står bag de medicinske implantater i Utrax. Hun deltager i et forsøg, hvor hun opdager, at medicinen skal gives til eleverne på Meadows.

Hanna ankommer til Barcelona for at redde Gelder og overtale Clara til at forlade Utrax. Hanna fortæller Clara, hvad hendes mor hedder, og hvor hun er. Clara er splittet. Sandy har opnået Gelders datter Kats tillid og er rasende, da Clara afviser at dræbe dem. Sandy dræber Gelder, mens Hanna og Clara flygter sammen med Kat. Mannions kollega, Grant, giver Marissa til opgave at finde Hanna.

Marissa slutter sig til Hanna på Meadows og arrangerer en flugtplan for dem begge den aften. Hanna overbeviser Clara om at slutte sig til dem, men sammenholdet på Meadows er til stor trøst for Clara, og hun forråder Hanna, så Carmichael igen får overtaget. I mellemtiden finder CIA-agenten Mannion Meadows, men der er intet spor efter Hanna eller Marissa...

Marissa er fængslet på Meadows. Hanna opfordres til at acceptere sin nye identitet som Mia Wolff. Det indebærer, at Hanna sørger over Erik, hvilket Terri fremskynder. Marissa flygter og overtaler Hanna til at tage med, men Clara forstyrrer dem. Clara skyder Marissa og fortæller Carmichael, at Hanna gjorde det for at forhindre Marissa i at kidnappe hende. Hanna er igen velkommen på Meadows.

Hanna og Jules sendes ud på deres første mission: At dræbe en journalist i London, der skal mødes med en militæradvokat, der vil afsløre Utrax' hemmeligheder - mens Sandy og Clara flyver til Barcelona for at finde beviserne. Hanna prøver at bakke ud og sammen med Mannion forsøger de at redde Nicolas liv, men Jules og Leo er et skridt foran. Konsekvenserne er katastrofale.

Hanna ankommer til Barcelona med den hensigt at redde Gelder og overtale Clara til at forlade Utrax. Hanna fortæller Clara hendes mors navn og opholdssted. Clara er ambivalent. Sandy har opnået Gelders datter Kats tillid og er rasende, da Clara nægter at dræbe dem. Hun dræber Gelder, mens Hanna og Clara flygter med Kat. Mannions kollega, Grant, giver Marissa til opgave at finde Hanna.

Carmichael ankommer til Barcelona, mens Hanna, Clara og Kat skjuler sig i en villa. Hanna vender tilbage til hotellet og finder Gelders liste over mål. Hun får hjælp af Marissa, der følger efter Carmichael og afpresser ham for at bringe kollegerne i Utrax for retten. Clara får mulighed for at blive genforenet med sin mor. Hanna vender tilbage til Marissa for at hjælpe med at ødelægge Utrax.