In seguito ai tragici eventi del Settore Thunderbolt, il conflitto tra le forze della Federazione legate alla Confraternita di Moore e le forze residue di Zeon della Divisione Living Dead, si sposta sulla Terra. Le forze sono ostili tra loro, ma una terza fazione trama nell'ombra: l'Alleanza dei Mari del Sud, un gruppo religioso che vuole autonomia dalla Federazione.