Lord Sandrak organizza un sospetto concorso di bellezza chiamato "Miss Inter Beauty", che incuriosisce sia l'Interpol sia il grande Haran Banjo, che infiltra fra le partecipanti la sua assistente Beauty Tachibana.

Il comandante Nero riesce a mettere a punto una speciale macchina anti-gravità e decide di collaudarla sulla città di Hellinton. Lo scopo primo del piano è quello di isolare gli esseri umani e ridurli allo stato di animali in gabbia in modo da trasformarli in Meganoidi.

Da qualche tempo navi, aerei ed altri mezzi di trasporto svaniscono senza lasciare nessuna traccia. Per capire la causa di queste misteriose sparizioni Banjo colloca Beauty fra l'equipaggio dell'Eagle, un moderno aereo di linea.

Tutto ha inizio quando un'intera area industriale scompare nel nulla. Toppy e il suo amico Pino scoprono che dietro la vicenda sospetta si nasconde il direttore dell'Istituto di Energia Solare, che il caso vuole sia il padre dello stesso Pino.

Il comandante Brandol cattura tutti gli abitanti di un villaggio per trasformarli in Meganoidi. Banjo e Beauty vanno in soccorso delle sfortunate vittime, ma questa avventura viene resa più divertente dalla presenza di un piccolo bambino che Beauty e Banjo trovano nel villaggio e decidono di portare con loro, facendo ingelosire terribilmente Reika.

Il dottor Anymad, un folle scienziato passato dalla parte dei Meganoidi, sostiene che il corpo perfetto di Banjo sia l'ideale per realizzare la sua ultima idea: dare vita ad un centauro. Ma Banjo è troppo furbo ed intelligente e riuscirà a sfuggire anche a questo nuovo pericolo.

Mentre il famoso trio tenta di contrastare il piano del comandate Daston, Toppy rimane solo nella villa di Banjo e decide quindi di scendere nei sotterranei per visitare indisturbato la cabina di comando del Daitarn 3. Premendo tutti i pulsanti all'impazzata attiva l'accensione ed il Daitarn 3 decolla.

Una telefonata sveglia Reika nella notte: è Tony, un suo vecchio amico, che le chiede di incontrarlo. La giovane, recatasi all'appuntamento, si rende conto di essere caduta nella trappola tesale da Jira, una vendicativa donna meganoide che in passato era stata sua amica e innamorata di Tony.

La giovane soldatessa Meganoide Maria è costretta a fuggire da Marte perché il capo della commissione di disciplina Franken scopre che è segretamente innamorata. Ignorando però che è lui la persona che Maria ama con tutta sé stessa, la insegue sulla Terra per ucciderla.

Il divo del cinema Fan Loo accetta di diventare Meganoide per riuscire a finanziare il capolavoro della sua vita: la realizzazione di un film sulla morte del grande Haran Banjo. Ma uccidere il pilota del Daitarn 3 non è un'impresa affatto facile.

Investigando su alcuni carri armati che, muovendosi dai musei, scompaiono gettandosi in mare, Banjo ed i suoi amici conoscono Heslar, un vecchio soldato che è stato ibernato per parecchi decenni.

Fuggendo da Marte, Banjo porta con sé il Daitarn 3 ed anche un'enorme quantità d'oro estratto dalle miniere del pianeta. A causa di ciò il comandante Venner ha perso il suo potere alla corte di Don Zauker e l'unico mezzo per rientrare nelle sue grazie è quello di trovare quell'oro e riportarlo su Marte.

Preparandosi per una missione su Marte, Banjo osserva divertito i pasticci di Beauty e Reika che vogliono imparare a pilotare il Daitarn 3. Nel frattempo il comandante Donoval si convince che per sconfiggere il nemico non basta la forza dei Megaborg, ma bisogna giocare d'astuzia.

Per sciogliere vaste aree ghiacciate nelle quali sono imprigionati tre uccelli preistorici, viene richiesto ad Haran Banjo l'utilizzo del Daitarn 3. Ma quel laboratorio di ricerca ha qualcosa di misterioso e il dottore ha poco di umano.

Zenoya è un comandante Meganoide che spera un giorno di poter prendere il posto di Koros vicino a Don Zauker. Per conquistare onore e gloria niente sarebbe più efficace della sconfitta di Banjo.

Per sconfiggere il loro temutissimo nemico, questa volta i Meganoidi sfruttano il corpo dei berretti blu, un gruppo di giovani e coraggiosi umani schierati dalla parte dei Meganoidi. Ma i valori dell'amore, dell'amicizia e della famiglia si rivelano molto più importanti della fama e del successo.

Si narra che molto tempo fa Atlantis si trovasse nell'Oceano Atlantico e Mur nell'Oceano Pacifico. L'antica leggenda racconta che i due imperi scomparvero in mare in una sola notte, ma nessuno sa che in quella notte ci fu anche un'altra terribile catastrofe che sconvolse un terzo impero.

Minamoto era un assistente del professor Haran e dopo anni di ricerca è riuscito a creare il primo cyborg privo della propria volontà. Ricercato dai Meganoidi che lo vogliono costringere a creare un esercito di soldati perfetti, fugge sulla Terra per chiedere aiuto a Banjo.

Banjo, Reika, Beauty e Toppy si trovano al comando del Rabbit, un prototipo di veicolo per il turismo spaziale prodotto dalla Beauty Company. Durante il viaggio di collaudo il veicolo viene misteriosamente attratto dalla Luna, sulla cui superficie Banjo ed i suoi amici notano enormi colline costituite da una lunghissima catena di dischi taglienti. A cosa potrà servire una simile attrezzatura?

Koros ha sentito tanto parlare del grande Haran Banjo, ma lo ricorda solo come un pauroso ragazzo fuggito da Marte. Per capire chi è realmente, non può fare altro che affrontarlo personalmente.

Oltre tremila persone scompaiono fra i boschi dopo essere state soggiogate da una invitante melodia proveniente da una bianca arca. Talvolta il bello nasce dal maligno e afferra la mente con una voce che sembra musica.

Per rendere più spettacolare il suo ultimo film, un produttore cinematografico decide di puntare su un cast di attori famosi. Il compito di Haran Banjo e dei suoi amici dovrebbe essere solo quello di proteggere i divi del cinema durante il viaggio spaziale organizzato per reclamizzare il film, ma forse non è un caso che fra quelle stelle ne brilli una Meganoide.

Il comandante Genova è convinta che il fuoco possieda quella forza purificatrice che libererà la Terra da ogni orrore, per questo si impegna a riattivare i vulcani spenti usando la tecnologia Meganoide.

Al luna park accadono strani fenomeni. Molti bambini spariscono nelle gallerie delle montagne russe e la polizia non riesce a spiegarsi come questo possa accadere. Anche Banjo non riesce a capire come mai i Meganoidi rapiscono tanti bambini.

L'ultima creazione della marina militare è il Magellano, una nave ammiraglia capace di affrontare ed abbattere i robot Meganoidi senza alcuna difficoltà, poiché custodisce al suo interno il cervello dell'ammiraglio Magellano. Alla sua inaugurazione la marina giapponese invita il famoso Haran Banjo, ma chi ha invitato il comandante Meganoide Katrof?