"El Candidato" narra la discrepancia entre el espionaje, la política y el crimen en la Ciudad de México de hoy. Mientras dos agentes de la CIA trabajan encubiertos para atrapar al narcotraficante más despiadado de México, descubren los secretos mejores guardados de los políticos de más alto rango del país.

El espionaje, la criminalidad y la política chocan en la Ciudad de México de hoy. Un brillante pero autodestructivo agente de la CIA, su joven y ambiciosa protegida mexicano-americana y el jefe de gobierno, inspirador pero reservado, luchan todos por el poder durante una invasión de la ciudad a manos del cartel de la droga más sanguinario del mundo.

Wayne trabaja con el "Centro de Fusión" conjunto entre México y los Estados Unidos para buscar a los sicarios que son responsables de la matanza reciente. Isa ignora la orden de quedarse en la embajada y decide perseguir una pista para llegar al Cartel de Guerrero. Lalo pone en riesgo su carrera, luchando con el presidente de México por el control de las investigaciones al narcotráfico.

Isa recluta a su primer "activo", una fuente con conexiones al cartel, pero durante el proceso traspasa los límites éticos. Un visitante del pasado de Wayne trae recuerdos desagradables y violentos. Lalo arriesga la relación con su esposa para seguir adelante con una demanda por violación en contra de los hijos de los ricos y poderosos. El plan de Bautista para la ciudad empieza a esclarecerse.

Wayne, Isa y Pamela emprenden una peligrosa misión, infiltrando a una banquera corrupta quien los podría llevar al Cartel de Guerrero. Lalo e Isa empiezan a fortalecer su relación al trabajar en una exhibición de arte, pero sus conflictos pasados amenazan su amistad. Los sicarios de Bautista llevan a cabo una operación misteriosa que termina con consecuencias aterradoras para la ciudad.

Wayne, Isa y Romero trabajan frenéticamente para rescatar a los rehenes. Lalo y sus policías hacen lo mismo, pero Lalo tiene su propia agenda. Bautista lleva a cabo un misterioso plan que involucra a sus sicarios. Wayne e Isa eventualmente se dan cuenta de la terrible razón por la que Bautista invadió la ciudad.

Lalo se queda afectado después de los eventos del episodio anterior. Lleva a Isa a un paseo al rancho de su familia fuera de la ciudad, durante el cual ella se da cuenta de uno de los mayores secretos de Lalo. Mientras tanto, Wayne descubre la debilidad de Bautista y se aprovecha para tender una trampa al narco. Pero Bautista está tendiendo su propia trampa.

Isa se separa de Wayne por los daños recientes y demuestra un comportamiento riesgoso, tanto profesional como personalmente. Wayne visita a una persona de su pasado; veremos los orígenes trágicos de su odio hacia Bautista. Bautista toma un viaje físico y espiritual hacia las montañas de Guerrero, llegando a una decisión que tendrá consecuencias terribles para Lalo y para todo México.

Las operaciones no oficiales de Wayne finalmente lo alcanzan cuando el prometido de Isa sigue una pista que podría mandar a Wayne y a Isa a la cárcel. Isa tiene que inventar una fuente falsa para cubrir el mal comportamiento de Wayne. Mientras tanto, Bautista amenaza de muerte a Wayne. Verónica empieza a darse cuenta de la verdad acerca de su matrimonio. Lalo se ensucia las manos peor que nunca.

Lalo tiene una confrontación directa con el Cartel de Guerrero, con resultados fatídicos. Un ave maría de parte de Wayne coloca a él y a Isa en un conflicto sangriento con la Federación del Norte. Isa y Lalo llegan a una decisión acerca de su relación.

Como secuela del episodio anterior, Wayne, Isa, Verónica y Lalo toman conciencia acerca de sus vidas y sus relaciones. Para el final de la temporada, las alianzas previas están destruidas y nuevas alianzas se están construyendo. Todos nuestros personajes principales tienen que prepararse para la guerra, dentro de los nuevos parámetros de batalla.