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Dopo aver passato un tranquillo primo anno di liceo, Haruka e Makoto incontrano a scuola Nagisa, il quale faceva parte del loro stesso club di nuoto ai tempi delle elementari. Quel club sta per essere demolito, quindi entrano di nascosto per recuperare la capsula del tempo che avevano sotterrato. In quell'occasione incontrano Rin, il quarto membro della squadra di quei tempi che si era trasfe...

Makoto e Nagisa restano con il fiato sospeso mentre assistono alla sfida tra Haruka e Rin. Tuttavia, Rin sembra una persona completamente diversa. Intanto Nagisa convince gli altri a fondare un club di nuoto e ad aiutarli ci sarà anche Gou, la sorella minore di Rin.

Il club di nuoto Iwatobi ha bisogno di un quarto nuotatore per poter partecipare alle staffette. Nagisa ha posato gli occhi sul suo compagno di classe Rei, il quale fa parte del club di atletica leggera. Nonostante Rei rifiuti più volte di iscriversi al club di nuoto, Nagisa non sembra avere intenzione di arrendersi.

Il club di nuoto Iwatobi è ora al completo.Tuttavia un piccolo problema li attende all'orizzonte. Visto che la causa sembra essere il costume di quella persona, tutti quanti decidono di accompagnarlo a comprare un nuovo costume.

Haruka e gli altri membri del club decidono di organizzare un ritiro estivo per allenarsi in vista delle provinciali. Ogni membro del club segue il proprio allenamento, tuttavia Rei si scoraggia perché non riesce a tenere il passo con gli altri. Per questo, tornerà a nuotare nel mare nella notte.

L'accaduto mette nei guai tutti i membri del gruppo, ma questo li porterà anche a ragionare su cosa li spinge a nuotare. Quando Rei chiede a Makoto il perché del suo strano comportamento, Makoto rivela al gruppo un episodio del suo passato.

Le provinciali sono ormai vicine e i membri del club Iwatobi migliorano a vista d'occhio. Nel frattempo, Rin rivela quale sia la causa che lo spinge a nuotare. Ora è il momento di mostrare i frutti del loro lavoro, al torneo.

Haruka, Makoto, Nagisa e Rei partecipano alle gare individuali. Rin si innervosisce quando gli torna in mente la gara dei tempi delle medie. Quindi i ragazzi devono prepararsi per la staffetta.

Le provinciali sono terminate e il club di nuoto Iwatobi è orgoglioso dei risultati. Una festival locale darà loro modo di riposarsi un po'. Tuttavia, quando Nagisa scopre che anche Rin è a quel festival, costringe Rei a pedinare Rin di modo che non incontri Haruka.

L'allenatore Sasabe aiuta il club di nuoto Iwatobi negli allenamenti in vista del torneo successivo. Intanto, Rei si sente escluso perché è l'unico a non sapere cosa sia accaduto con Rin, in passato. Quando finalmente sfoga la sua frustrazione a riguardo, Haruka decide di parlargli di quanto successo alle medie.

Ora che sa cosa è successo in passato, Rei si reca alla Samezuka per conoscere l'obbiettivo di Rin. La notte precedente alle regionali, Rin chiede a Rei di incontrarsi e gli parla di cosa significhi per lui una staffetta. Più tardi, vengono annunciati I partecipanti alla staffetta per la Samezuka.

Il club di nuoto Iwatobi deve vincere per passare alle nazionali. Più il torneo si avvicina, più i membri del club sono nervosi. Intanto, Rin è sempre più innervosito. Quando ormai manca poco alla staffetta, ognuno dovrà capire qual è il proprio posto ai blocchi di partenza.