Emily on viimeisiä päiviä jäähyllä FBI:stä ja yrittää päästä sopuun edellisten kahden kauden tekojensa seurausten kanssa. Ylitarkkaavainen ja epäluottavainen Emily näkee vaaroja kaikkialla ja pitää silmällä jokaista näkemäänsä henkilöä.

Tappavien tapahtumisen seurauksena Emilyn täytyy kilpailla aikaa vastaan pelastaakseen Nickin apunaan salaperäinen tietolähde Kai. Selvitettyään Nickin olinpaikan Emily käsittää, että juttu onkin paljon luultua isompi, ja joutuu punnitsemaan mahdollisuutta, että Nick on kuollut.

Sekava ja tolpiltaan huumattu Nick herää pimeässä, suljetussa tilassa. Toisaalla, koska ruumista ei ole löytynyt, Emily kieltäytyy uskomasta Nickin kuolleen. Hän tekee sopimuksen saadakseen Nickin takaisin ja huomaa, että Dawkins onkin virittänyt ansan ja kaikki ovat vaarassa.

Emilyn vaateet FBI:lle Nickin etsinnästä kaikuvat miltei kuuroille korville. Siksi hän käynnistää uhkarohkean suunnitelman tavatakseen miehen, joka voi johtaa hänet Nickin luo. Samaan aikaan jossain päin Eurooppaa Nickiä huumataan ja kidutetaan henkisesti. Kidutus tuo esiin hänen syyllisyydentuntonsa ja epäilyksensä FBI-agenttina, aviomiehenä ja isänä.

Emily suostuu Dawkinsin pyyntöihin, jotta tämä veisi hänet Nickin luo, ja tekee samalla omia suunnitelmiaan. Sillä välin Nickin syyllisyydentunto ja vainoharhaisuus alkavat saada yliotteen hänestä, mutta hän onnistuu karkottamaan itseään vainonneet henkilökohtaiset demonit.

Nickin kidutus jatkuu, mutta hän saa tilaisuuden paeta vangitsijoiltaan. Cal ja Emily lähtevät pelastamaan Nickiä ja lähentyvät matkan aikana. Saavuttuaan salaiseen paikkaan he löytävät todisteita, jotka yhdistävät Nickin tapauksen takaisin Bostoniin, mutta itse Nickistä ei näy jälkeäkään.

Emily yrittää viimeisen kerran vaihtaa varastetut tiedostot Nickiin ja vaatii todisteita siitä, että Nick on elossa. Hän ei tiedä Nickin paenneen vangitsijoiltaan huimassa takaa-ajossa. Nick ottaa yhteyttä FBI:hin ja Emily päättää kysellä Calilta lisää tämän menneisyydestä.

Emily ja Nick laativat suunnitelman pakolaisleirille soluttautumiseen. Cal esiintyy Meridianin vartijana toivoen löytävänsä Armstrongin ja voidakseen saattaa tämän oikeuden eteen. Samaan aikaan Crown ja Gunnarsen saavat vihiä Meridianin myyrästä ja odottamaton vierailija saapuu maatilalle.

Nick vapauttaa pakolaisia ja Cal kohtaa Armstrongin. Gunnarsen ja Crown menevät pidättämään varajohtaja Webbiä, mutta törmäävät kuolettavaan yllätykseen. Samaan aikaan Emily yrittää selvittää Elliotin operaation perinpohjin ja menee äärimmäisyyksiin suojellakseen perhettään.

Emily, Nick and Flynn ovat jälleen yhdessä Bostonissa, mutta Elliotin bioaseen uhka on yhä ajankohtainen. Emily ottaa epätoivoiset keinot käyttöön ja tekee vaarallisen valinnan varmistaakseen perheensä turvallisuuden.