Yıldız Geçidi: Atlantis

Sheppard ve Ronon, çökmüş bir yapının altında mahsurken, McKay ve Lorne başka bir enkazda sıkışıp kalmıştır. Michael'ın amiral gemisi olan Wraith kruvazörü yapıya doğru hızla ilerlerken, Carter kurtarma görevindedir. Onlara ilk kim ulaşacaktır?

Dr. Keller vardiyasına gelmediğinde endişelenen ekip üyeleri, onu odasında bilincini kaybetmiş bir hâlde bulurlar. Atlantis'teki durum giderek kötüleşirken, Woolsey nihayetinde Keller'ın hayatına mal olabilecek bir karar vermek zorunda kalır.

Bir dış dünya görevinde Ronon (Jason Momoa), eski arkadaşı Tyre (Mark Dacascos) tarafından pusuya düşürülüp yakalanarak Wraith'lere teslim edilir. Ekip, arkadaşlarını bulmak için iz sürerken, Ronon işkenceye maruz kalır.

Gizemli bir kopya Daedalus'taki bir arıza, ekibi farklı alternatif gerçekliklerde yolculuk yapmaya zorlar. Bu yolculuklar sırasında korkunç uzaylılarla, kavurucu bir güneşle ve Atlantis üzerinde şiddetli bir uzay savaşıyla karşılaşırlar.

Bir dizi anomali ve enerji kesintisinin ardından, Atlantis ekibi imkânsız bir kararın eşiğine gelir. Gizemli bir varlığı serbest bırakacak bir yol yaratmazlarsa varlık, şehrin teknolojik altyapısını sistematik olarak yok edecektir.

Atlantis'e dönüş yolunda McKay aniden hastalanır. Durumu ağırlaşınca doktor, kardeşi Jeannie'yi çağırır. Ronon, ona Rodney'nin ölmeden önce bir günlüğüne eski hâline dönebilmesini sağlayacak kutsal bir yerden bahseder.

Binbaşı Anne Teldy (Christina Cox) ve ekibinin, geniş bir yeraltı mezarlığında Michael'ın terk edilmiş laboratuvarlarından birine rastladıkları haberini alınır ve Dr. Beckett'ın (Paul McGillion) Atlantis'ten ayrılmasının ertelenmesi istenir.

Keller ve Atlantis ekibi, Wraith'lerden Todd ile şaşırtıcı bir teklif sunmak için bir araya gelir. Keller, Wraith'lerin insanlardan beslenme ihtiyacına karşı bir "tedavi" bulduğuna inanır ama bu devrim niteliğindeki tedavi için bir denek gerekir.

McKay ve Ronon, Dr. Jennifer Keller'a Atlantis'ten uzak bir tıbbi takip konusunda yardımcı olmak için gönüllü olurlar. Daha sonra ikili geri döndüğünde, Keller'ın erken gittiğini öğrenirler ama köyde yapılan aramalarda ondan hiçbir iz bulunamaz.

Yıldız Geçidi YG-1'den Dr. Daniel Jackson (Michael Shanks), araştırmaları sonucunda isyankâr bir Antik bilimci olan Janus'ın (Gildart Jackson) şehirde bir yerde gizli bir laboratuvar saklamış olabileceğini öne sürerek Atlantis'e gelir.

Jackson ve McKay, Wraith'leri yok etmek için tasarlanmış antik bir makine olan Attero cihazını yeniden etkinleştirirler. Bunun sonucunda, cihazın nihayetinde neden kullanılmadığını keşfederler… Todd ise Daedalus ekibini tutsak tutmaya devam eder.

Yarbay Sheppard ve ekibi, Dr. Carson Beckett'i, Hoffan vebasından sağ kurtulan küçük bir grubu tedavi ederken yabancı bir gezegende bulur. Ancak aynı akşam, bir grup Wraith savaşçısı çıkagelir ve katliam tehditleri savurur.

Yeni kurulan bir galaktik koalisyon, Yarbay John Sheppard ve ekibini bir sonraki toplantılarında Atlantis'i temsil etmeleri için davet eder. Ancak ekip oraya varır varmaz tutuklanır ve insanlığa karşı işledikleri suçlardan yargılanmak zorunda kalır.

Atlantis aniden karanlığa gömülür, yalnızca merkez kuledeki en üst kat etkilenmemiştir. Sheppard ve McKay oraya ulaşmaya çalışırken, geçişi engelleyen bir kuvvet kalkanının devreye girdiğini fark eder.

Richard Woolsey (Robert Picardo), Atlantis'teki liderliğini korumaya çalışırken, McKay (David Hewlett) ve Zelenka (David Nykl) gizemli bir keşfi araştırır. Bu sırada Sheppard, şehri istila etmeyi planlayan eski bir düşman tarafından esir alınır.

Atlantis ekibine iki haftalık izin verildiğinde, Dr. Rodney McKay istemeden de olsa küresel ısınmaya çare olacağını öne sürdüğü bir bilimsel gösteri düzenleyen eski rakibi Malcolm Tunney'nin davetini kabul eder.

Ekip, Atlantis'in üzerinde beliren bir Wraith ana gemisine binerken en kötüsüne hazırlıklıdır. Ancak mürettebatı askıya alınmış hâlde bulduklarında şaşırırlar. Bir arıza sonrası hayatta kalanlar uyanır ve Wraith'lerin birbirini yediği ortaya çıkar.

Dr. Jennifer Keller garip davranmaya başlayınca yapılan kapsamlı testler hiçbir anormallik göstermez. Ancak McKay'in yürüttüğü araştırma, Keller ile azılı suçlu Neela Casol'ın bilinçlerinin yer değiştirmiş olabileceğini ortaya koyar.

Alternatif bir evrende Dedektif John Sheppard, Las Vegas Emniyeti'nde görev yapar ve esrarengiz cinayetleri araştırmaya başlar. İlk bakışta bir seri katilin işi gibi görünen cinayetlerin ardında aslında tehlikeli bir Wraith planı yatıyor olabilir.

Ana geminin aniden ayrılması ekibi şaşkına çevirir. Kısa süre sonra Wraith dilinde zayıf bir alt uzay sinyali yakalanır. Şifre çözüldüğünde en büyük korkuları gerçeğe dönüşür: Mesajda tanıdık koordinatlar vardır. Wraith ana gemisi Dünya'ya yönelir!