Sista skeppet säsong fem följer Tom Chandler och hans tidigare besättning när de hanterar global politisk oro i en värld som återhämtar sig från ett dödligt virus. En del av besättningen åtar sig ett hemligt uppdrag i Panama som går snett, vilket leder till att de grips och förhörs av en knarkkung. De måste försöka fly och stoppa knarkkungens planer.
