L'ami de Steve agent de la CIA est tué. McGarrett se laisse capturer par le groupe qu'il pense coupable et subit des tortures pour trouver le tueur.

Un père sur un vol vers Honolulu est kidnappé et forcé de sauter en parachute en plein vol. Danny, Tani et Junior le pistent à travers la jungle et découvrent qu'il n'est peut-être pas ce qu'il semble. McGarrett est menacé par un secret du passé.

La criminalité augmente avec la vague de chaleur qui s'abat sur Oahu. McGarrett et Danny doivent traquer un voleur de banque, tandis que la voiture de Tani et Junior est volée pendant leur service. Grover joue la partie de golf de sa vie.

Jerry accompagne Junior qui escorte un soldat tombé au combat jusqu'à Oahu. McGarrett et Danny découvrent un cadavre en se plongeant dans le marché noir illégal et très rentable du sable.

C'est Halloween, Jerry et ses amis fouillent un camping à la recherche de preuves d'un meurtre dont il a été témoin pendant son enfance. McGarrett enquête sur une petite fille qui dessine des scènes de meurtre avant même qu'ils ne soient découverts.

McGarrett dépasse les bornes et est arrêté pendant l'enquête sur la mort de son ancien coéquipier SEAL, qui est décédé lors d'un atterrissage d'urgence sur un porte-avions dont le seul survivant est un bébé.

McGarrett enquête sur une affaire non résolue des années 1940 sur laquelle son grand-père et le célèbre inspecteur d'Honolulu Chang Apana ont travaillé, et tente de résoudre l'affaire.

Pour Thanksgiving, les parents et le frère de Grover viennent à Oahu pour une visite entachée de rivalité fraternelle. Le Five-0 enquête sur un voleur mort écrasé par un coffre-fort vide.

Un célèbre justicier est tué après avoir procédé à une autre arrestation citoyenne. Five-0 se plonge dans le monde des super-héros et des bandes dessinées pour trouver le tueur. Adam se rapproche enfin de la découverte de l'assassin de sa sœur.

Après avoir repoussé un assassin dans sa propre maison, McGarrett et Joe White se réfugient dans le Montana pour se préparer à une bataille contre d'anciens ennemis des navy SEAL.

Encore sous le choc du meurtre d'un membre de leur ohana, Steve, Catherine, Danny, Junior et de vieux amis, Harry Langford et Wade Gutches, traquent le tueur. Tani et Grover enquêtent également sur la disparition d'un sac d'ossements humains.

MacGarrett et le Five-0 aident Danny et Rachel à déterminer ce qui a déclenché l'accident de voiture de Grace qui a mis sa vie en danger et l'a laissée dans un état critique.

Adam, Junior et Tani se rendent au fond de l'océan Pacifique suite à un meurtre dans un laboratoire sous-marin isolé, et le tueur est peut-être encore à bord.

En enquêtant sur le meurtre de l'ami de Flippa, McGarrett et Grover découvrent le plan meurtrier d'un groupe extrémiste sur l'île. Grover a une réaction émotionnelle face à l'affaire.

Alors qu'un dangereux ouragan frappe Oahu, le Five-0 est chargé de protéger El Diablo, un tueur en série capturé qui est poursuivi par un assassin.

Quand la meilleure vendeuse d'une société de produits de beauté/vente pyramidale est assassinée, le Five-0 passe au crible une longue liste de suspects potentiels qui voudraient sa mort. Adam se lie d'amitié avec un sans-abri brouillé avec sa famille

Junior est déchiré entre ses obligations en tant que membre du Five-0 et ses sentiments pour son ancienne petite amie quand le nouvel amour de celle-ci, le père de son fils, est l'un des coupables d'un braquage de banque qui tourne à l'homicide.

Tani et Junior s'infiltrent dans une salle de sport pour traquer un lot mortel de stéroïdes qui tue les utilisateurs, avant que la drogue ne fasse d'autres victimes.

Le Five-0 enquête sur le meurtre d'un laveur de carreaux et découvre que la victime est en fait un artiste de rue renommé dont la tête pourrait être mise à prix pour des raisons politiques.

Le Five-0 doit retrouver une adolescente qui a acheté une arme à feu à un junkie et découvrent que cette arme, au fil des décennies, a affecté leurs vies à tous.

Le Five-0 enquête sur le meurtre d'un homme dont le corps pourrait être la clé d'une affaire vieille de 20 ans impliquant une fille kidnappée que le père n'a jamais cessé de rechercher.

Adam enquête sur le meurtre d'un agent du FBI infiltré sur le point d'épouser la fille d'un chef yakuza. Noelani est prise en otage avec son mentor, le Dr Chu, et forcée d'opérer un criminel sous la menace d'une arme.

McGarrett aide sa sœur Mary à espionner ses voisins louches. Le Five-0 enquête sur les meurtres d'un conducteur de voitures de tourisme et de son passager. L'équipe tourmente les plus jeunes membres lorsque Junior escorte Tani à un mariage.

Dans cet épisode final de la neuvième saison, le Five-0 continue de traquer le criminel Aaron Wright avant qu'il ne vende des cyberarmes. Les vies de McGarrett et de l'équipe sont mises en danger lorsqu'un visiteur se rend au quartier général.