Capitan Harlock

2977 d.C.: l'umanità ha sviluppato la tecnologia per viaggiare nello spazio, ha creato robot per coltivare ed allevare il suo nutrimento su altri pianeti per vivere in un'epoca senza precedenti. L'umanità riceve tutto il suo cibo dal governo ma è tenuta sotto controllo dall'uso di segnali ipnotici emessi dalla televisione.

Una nave da trasporto viene attaccata da un oggetto volante non identificato mentre esce dal Pianeta n.7. Credendo che dietro questo attacco ci sia Harlock, i suoi nemici decidono di servirsi di Mayu, una ragazza affidata ad Harlock dal suo caro amico, per attirarlo allo scoperto.

La città è presa dal panico da una sfera appena atterrata. Un uomo di nome professor Kusko, che ispeziona la sfera insieme al dottor Daiba e suo figlio Tadashi, sospetta che la scritta sullo stendardo rivendichi il dominio sulla Terra.

Dopo essere stato invitato a diventare un pirata da Harlock, Tadashi esce dall'Arcadia. Allo stesso tempo, il professor Kusko decifra i caratteri scritti sullo stendardo e informa il gabinetto del Primo Ministro che i Mazone hanno in programma di fare della Terra la loro seconda patria.

Harlock dice a Tadashi, appena unitosi al suo equipaggio, di "andare in giro e godersela". Tadashi è confuso anche vedendo il comportamento rilassato dei membri dell'equipaggio che va decisamente contro l'immagine che aveva dell'Arcadia.

Un soldato Mazone fa il nome della Regina Raflesia. Sentendo la necessità di raccogliere più informazioni e volendo testare le abilità di Tadashi, Harlock manda l'equipaggio a raccogliere pezzi del relitto della corazzata Mazone.

Dopo aver visto una strana formazione dallo spazio, l'equipaggio di Harlock si dirige nell'area delle Bermuda. Dopo aver indagato su una piramide costruita dai Mazone sul fondo dell'oceano, scoprono che questi sono in realtà una forma di vita vegetale.

Sono stati registrati dei segnali emessi dallo stendardo e dalla piramide. Questi sono i segnali di ritorno per guidare il popolo Mazone direttamente sulla Terra.

Il dottor Zero analizza i capelli del Mazone catturato e vede che il loro trucco è identico alla linfa trovata nella vita vegetale che circonda le antiche rovine.

Credendo che tutte le giungle della Terra siano abitate dai Mazone, Harlock decide di tornare di nuovo sull'Isola dei Pirati. Lì, dopo che un suo subordinato è stato ucciso, Alergias attacca Harlock.

L'Arcadia riesce a raggiungere Venere. Lungo la strada catturano Lola, un pilota Mazone da una nave distrutta. Invece di esplodere come gli altri, la ragazza fa solo un sorriso minaccioso.

Tadashi è arrabbiato con sé stesso per aver parlato dell'Arcadia a Lola. Quindi inizia a esercitarsi come un matto in modo da essere pronto per la prossima battaglia. Esaminando la superficie di Venere, la ciurma di Harlock individua formazioni su un continente fossilizzato che sembrano i disegni di Nazca.

L'Arcadia decide di fare nuovamente rotta verso la Terra per indagare su un terzo segnale che sembra essere emesso dal Mar dei Sargassi.

Il comandante Kirita porta con sé Mayu. Nel disperato tentativo di trovarla, Harlock riceve un messaggio direttamente dal comandante Kirita in persona.

L'Arcadia è al Polo Nord dopo aver avvistato un'aurora che ricorda da vicino una pista. Si tratterà di una trappola o un indizio prezioso?

L'operatrice Kei Yuki, dopo svariato tempo, ha finalmente modo di andare a far visita alla tomba dei suoi compianti genitori.

Dopo aver trovato un messaggio in una bottiglia fluttuante nello spazio che contiene un messaggio di SOS del Capitano Yamanaka della nave Braves, l'Arcadia parte per la Nebulosa Testa di Cavallo.

Senza alcun preavviso o segnale di allarme, un gruppo di soldati di Mazone appare all'improvviso all’interno dell’Arcadia. Riuscirà l’equipaggio a respingere questa attacco a sorpresa senza subire troppe perdite?

Harlock e il suo equipaggio si rendono finalmente conto che la luce che Yamanaka pensava fosse la base di Mazone è in realtà un gruppo di giovani stelle. Ma, prima che abbiano il tempo di rammaricarsene, vengono attaccati da una cometa Mazone.

Il vecchio pianeta di Miime si chiama Jura e una volta fu devastato da un attacco nucleare. Facendo una delle sue visite occasionali nella sua città natale, Miime e Harlock finisco intrappolati dai Mazone.

Una cintura di asteroidi colpisce l'Arcadia. I soldati Mazone che si nascondevano lì dentro arrivano all’improvviso e riescono ad invadere la nave. Tuttavia, non desiderano distruggere l'Arcadia ma...

Al ritorno all’isola Deathshadow con il dispositivo di memoria lasciato da Zol, Harlock e il suo equipaggio imparano qualcosa di enorme importanza sull'ammiraglia della regina Raflesia.

Dopo la vittoria, Harlock ordina al primo ufficiale Yattaran di mettere al sicuro gli ostaggi. Ma Yattaran finisce per essere catturato! Il dottor Zero, che lo conosce dalla scuola elementare, racconta all'equipaggio del suo genio e della sua capacità di analizzare la struttura dell'Arcadia.

Una strana coppia formata da Zorba, figlio del guerriero Zol e un medico Mazone di nome Lucia, sono scappati dalla flotta Mazone. Ci sono però membri dell'equipaggio che dubitano di Lucia e pensano che possa essere una spia...

Il dottor Zero è estremamente risentito per la fine di Zorba e Lucia. Quindi, parte per una battaglia nel mezzo di una tempesta magnetica, lasciando il suo amato gatto domestico al cuoco della nave!