주식회사 마지루미에

괴기라는 자연재해를 퇴치하는 마법 소녀가 사회적으로 존경받는 세계. 여대생 사쿠라기 카나는 취업에 번번이 실패하며 자신감을 잃어가고 있었다. 그러던 어느 날 카나는 면접장에서 괴기에 휘말리게 되고, 그때 주식회사 마지루미에의 마법 소녀 코시가야 히토미가 나타나 괴기와 대치한다. 하지만 예상보다 더 큰 규모로 성장한 괴기에 고전을 면치 못하고 주의 사람들에게 도움을 요청하지만 다들 난색을 표할 뿐이다. 그런 가운데 카나가 자신이 돕겠다고 나서는데...

코시가야의 괴기 퇴치 업무를 도운 것을 계기로, 카나는 주식회사 마지루미에에 입사하기로 결심한다. 하지만 사장인 시게모토 코지를 비롯해 영업부의 미도리카와, 엔지니어인 니코야마 카즈오라는 개성 강한 직원들을 보고 당황한다. 성급하게 입사를 결정한 걸 후회하는 중, 미도리카와의 권유로 마법 도구인 빗자루를 타보기로 한다. 그러던 어느 날 마지루미에에 괴기 퇴치 의뢰가 들어오는데…

카나가 마지루미에에 입사한 지 한 달이 지난 어느 날, 카나와 코시가야는 여느 때처럼 괴기 퇴치 업무에 열중하고 있었다. 그때 아스트 주식회사라는 대기업의 마법 소녀 츠치바 메이가 끼어들어 순식간에 괴기를 퇴치해 버리고 만다. 이후, 오래된 상점가에 출몰한 괴기를 퇴치하기 위해 회의를 하던 중, 시게모토는 카나의 의견이 회사의 미학과 맞지 않다며 질책한다. 그런 가운데 괴기가 점차 확산되고 있다는 연락이 들어오는데…

유서 깊은 상점가의 경관을 지키기 위해, 카나는 이론상으로만 존재하는 새로운 마법을 제안한다. 시게모토는 카나의 아이디어를 승인하고, 마법 엔지니어인 니코야마 카즈오는 이를 실현하기 위해 빛의 속도로 프로그램을 짜낸다. 한편, 현장에서는 카나와 코시가야가 둘로 나뉘어 괴기를 퇴치한다. 각자의 위치에서 고군분투하는 가운데, 마침내 마지루미에의 오리지널 마법이 완성된다!

시게모토의 제안으로 다 같이 노래방으로 간 마지루미에 직원들. 미도리카와를 제외한 모든 직원들은 각자 개성 있는 노래를 부르며 즐겁게 친목회를 즐긴다. 다음 날 시게모토의 오랜 친구인 미야코도의 사장 아소 미야코에게 전화가 걸려 오고, 아소의 제안으로 카나는 1주일 동안 미야코도의 마법 소녀 부서를 돕게 된다.

협동 업무 첫날, 카나는 미야코도의 마법 소녀 아오이 리리와 함께 일을 시작한다. 하지만 첫 업무는 다름 아닌 옷 가게에서 쇼핑. 카나는 오랜만에 쇼핑을 즐기면서도 리리의 자유분방한 태도에 적잖이 당황한다. 하지만 마법 소녀에 대한 리리의 열정에 감탄하며 마음을 연다. 쇼핑을 마친 둘은, 괴기 정기 점검 업무를 위해 호텔 알베릭으로 향하는데...

돌연변이 괴기의 공격을 받아 곤경에 처한 카나와 리리. 그때 아스트의 메이가 지원을 위해 나타난다. 메이의 지시에 따라 카나와 리리는 행인들을 대피시키고, 그사이 메이는 홀로 괴기와 치열한 전투를 벌인다. 그때 메이가 마음에 걸린 카나는 다시 현장으로 돌아와 함께 싸우겠다고 나서는데…

새로운 마법 도구와 기술을 선보이는 마법 업계 박람회에 오신 걸 환영합니다. 어느 부스를 둘러볼지 고민하던 마지루미에 직원들에게 유명한 마법 엔지니어들이 말을 걸어 온다. 아무래도 상점가에서 발동한 마법이 화제인 모양이다. 하지만 낯 가리는 니코야마는 사람들과 눈조차 마주치지 못한다. 그 후 돌연변이 괴기 관련 마법 시연을 보는 중, 괴기가 마법을 깨고 폭주하기 시작하는데…

3년 전, 대학생이었던 니코야마는 취미로 마법을 만들며 남다른 애정을 쏟았다. 하지만 타인의 비판이 두려워 마법 업계에 취업하는 걸 포기하려던 찰나, 뜻밖의 전화가 걸려 온다. 시간이 흘러, 현재 마법 업계 박람회에서 돌연변이 괴기용 마법을 개발하던 중, 니코야마의 컴퓨터가 갑자기 다운된다. 당황한 니코야마는 용기를 내 주변 엔지니어에게 도움을 청하는데…

카나와 코시가야는 마지루미에에서 사용하는 빗자루의 창시자인 긴지 하나를 찾아간다. 둘은 긴지에게 빗자루 사양을 조정해 달라고 의뢰하지만, 카나의 말에 영감을 받은 긴지는 새로운 빗자루를 만들겠다고 한다. 같은 날, 박람회에서의 작업이 온라인에서 화제가 되며 마지루미에에 관심이 집중된다. 이를 기회로 삼아 시게모토는 사업을 확장하여 마지루미에의 기술 및 노하우를 타사에 판매하겠다고 나선다.

카나는 주식회사 아프다에서 파견된 마법 소녀 마키노 아카네의 교육을 맡게 된다. 첫날부터 집요하게 파고드는 아카네의 태도에 적잖이 놀라지만 아카네의 책임감과 성실함에 점점 마음을 열게 된다. 그러던 중, 카나와 코시가야, 아카네 세 명이 함께 현장에 출동하게 되고, 이번에는 코시가야의 파트너가 아닌 아카네의 교육 담당자로서 업무에 임하게 되는데…

카나와 코시가야, 아카네가 출동한 폐단지에 거대한 변이 괴기가 나타나, 그 일대가 화염으로 뒤덮인다. 시게모토는 급히 대책을 세우려 하지만, 적에 대한 데이터가 부족해 어려움을 겪는다. 한편 카나와 아카네는 코시가야와 합류하려 하지만, 불길이 점점 거세져 어찌할 바를 모른다. 그때, 카나는 시게모토가 해준 조언을 떠올리며 결의를 다지고 다시 한번 괴기에 맞서기 위해 모두의 힘을 모은다.