I et afsidesliggende kloster i 1940'ernes Australien driver nonnen søster Eileen (Cate Blanchett) et hjem for forældreløse aboriginalbørn. Midt om natten efterlades en ny dreng - en dreng, der ser ud til at have særlige kræfter. Da klostret modtager et dyrebart relikvie af Kristus på korset, bliver det drengens første møde med Jesus og han er tryllebundet.
I et afsidesliggende kloster i 1940'ernes Australien driver nonnen søster Eileen (Cate Blanchett) et hjem for forældreløse aboriginalbørn. Midt om natten efterlades en ny dreng - en dreng, der ser ud til at have særlige kræfter. Da klostret modtager et dyrebart relikvie af Kristus på korset, bliver det drengens første møde med Jesus og han er tryllebundet.