FBI：特別捜査班

チームは、違法ブローカーから高威力の爆弾を買うため、おとり捜査を実施するが、爆弾が既に悪党の手に渡っていたことが分かり、捜査方針を転換する。第５シーズンの第１話。

質店で店主と刑事が射殺される事件が発生。チームは、名門大学を中退した若者がなぜ犯罪に関わっのか理由を探っていく。

捜査チームは自動小銃を倉庫から強盗した殺人犯を捜査する。犯人の1人がジュバルの息子の同級生だと判明するが、ジュバルの息子は事件への協力に消極的だった。シーズン４の最終話。

チームは、残虐な連続暴行事件の捜査を開始する。その朝、強盗被害に遭ったＯＡだったが、チームにはその事実を隠す。ゲスト出演のカルロス・ゴメスがニューヨーク市警のチャベス刑事に扮し、ＯＡを襲った犯人たちを追う。

裕福な会計士が、悪名高い麻薬王に不利になる証言をしたため、射殺された。ティファニーは、この麻薬王とつながりを持つ、市警時代の元同僚に捜査への協力を依頼する。

５歳の男の子が連れ去られた。スコーラは、男の子が狙われた理由について母親が何かを隠しているとにらむ。ニーナは、スコーラに思い悩んでいることを打ち明けるべきか葛藤する。

休職していたマギーが復帰。初日から２名が殺された殺人事件の捜査に加わる。事件の被害者は、FBIのアカデミーに通っていたロースクールの学生と、ギャングとのつながりが疑われる若い男性だった。一方のOAは、ふとしたことからマギーの秘密を知り、復帰が早すぎたのではないかと心配になる。

トラックを狙った強盗殺人事件が発生し、爆弾の材料となる大量の硝酸アンモニウムが奪われる。チームは、マギーが潜入しようとしていた極右組織が事件に関与している情報をつかむ。

支局に、フェンタニルの入ったダッフルバッグを持った少年が現れる。少年は、父親を撃った犯人たちからの保護を求めていた。ニーナは、ある提案をスコーラに持ち掛けるが、スコーラは二の足を踏む。

若い女性が拉致される事件が発生。イゾベルが18年前に担当した事件との関連が浮上する。イゾベルは、当時の捜査パートナーであるジェイク（テイト・ドノヴァン）に連絡を取り、彼女がFBIで初めて担当した事件を再度、見直すことに。

支局の分析官ケリー・モランが人質に取られる事件が発生する。

正体不明の生物兵器にさらされ、バス会社の従業員２名が死亡、１名が重体となる事件が発生。チームは、事件の黒幕と次のターゲットの特定を急ぐ。

レッドフックの廃工場の近くで、FBIの情報源の遺体が見つかり、チームは殺人事件として捜査を開始する。マギーは、かつて一緒に仕事をしていた大先輩（ジョエル・カーター）と再会を果たす。

様々な店舗を狙った連続強盗事件が発生。犯人を追ううちに、より重大な事件が浮かび上がる。ＯＡは、投資に失敗し将来に不安を募らせていく。

大使館の警備担当職員が、ニューヨーク市内である男を確保しようとしたところ、射殺されるという事件が発生する。チームは、職員が勤務していたクロアチアに事件の鍵があると見て捜査を進める。

連邦刑務官が射殺される事件が発生し、元海兵隊員の男が捜査線上に浮かぶ。男はアフガニスタンに派兵されて以来、人が変わってしまったという。ティファニーは姉から、末の弟が騒ぎを起こしていると連絡を受ける。

スコーラは、ニューヨークを狙ったテロ計画の背後にいるテロリストを探るため潜入捜査を続けていた。マギーは、レミーが過去の事件で使った情報源が作戦を前進させる鍵になると考え、彼にコンタクトを取る。

空軍基地の副司令官が拉致され、アクセスカードが何者かに奪われる。チームは一刻も早く、犯人と盗まれた兵器を発見しなければならない。スコーラは、先日のトラウマ的な経験を経て、自分の身の安全について不安を抱き始める。

カナダから荷物を運送していたトラック運転手が射殺体で見つかる。様々な証拠からFBIの最高指名手配犯となっているテロリストの関与が浮上する。ジュバルは、かつて一緒に捜査を担当したジャック・ロンバルド刑事（ビリー・キャンベル）と再び組むことに。

国立公園で麻薬の売人が射殺される事件が発生し、チームは犯人捜しに乗り出す。ニューヨークに戻ってきたマギーの妹が、事件を複雑なものにしてしまう。

著名な上院議員の一人娘が拉致され、捜査を担当することになったチームに注目が集まる。やがて類似の失踪事件との関連が浮上するが、市警は捜査を開始していなかった。

薬物を過剰摂取したと見られる十代の若者グループの遺体が見つかる。チームは、この薬物の売人とその供給元の特定を急ぐ。OAは、捜査の過程で自分の信仰心に疑問を抱く。

祈りのポーズを取らされた著名な医師の遺体が見つかる。チームは、宗教的な犯行動機を持つ犯人を一刻も早く止めなければならない。スコーラ（ジョン・ボイド）は、生死に関わる重大な決断を迫られる。