Anført af den antropomorfiske rotte Splinter begiver de fire skildpaddehelte sig ud i New Yorks mørke gader for at bekæmpe den organiserede kriminalitet, der hærger byen. Underverdenen har en ny spiller i Splinters gamle nemesis Shredder, der ved hjælp af sin Fodklan har overtaget, og kun de fire ninjamutanter kan bremse deres fremfærd.
