마법 소녀 사이트

아사기리 아야는 어디에도 마음 붙일 곳이 없다. 학교에서는 친구들에게 괴롭힘을 당하고, 집에서는 오빠에게 학대를 당하며 매일 죽고 싶은 마음뿐이다. 그러던 어느 날, 아야는 '마법 소녀 사이트'라는 신비한 웹사이트를 발견한다. 이 사이트는 아야에게 마법 지팡이를 주고 그녀를 마법 소녀로 만든다. 그다음 날 아침 학교에 온 아야는 자기의 신발장에서 이상한 총 모양의 지팡이를 발견하는데…

야츠무라 츠유노는 '마법 소녀 사이트'에서 마법 지팡이를 받은 또 다른 마법 소녀이다. 츠유노의 마법 지팡이는 시간을 멈출 수 있다. 츠유노는 자기의 마법 지팡이로 시즈쿠메 사리나에게 복수했다. 츠유노는 아야에게 경고한다. 마법 지팡이를 사용하면 수명이 줄어들며, 누군가 마법 지팡이를 차지하기 위해 마법 소녀들을 죽이고 있으며, 그 누군가가 점점 더 가까이 다가오고 있다.

마법 소녀들을 살해한 마법 사냥꾼의 정체가 시오이 리나라는 이름의 마법 소녀로 밝혀졌다. 리나는 '폭풍'에서 살아남기 위해 마법 소녀들을 죽였고 마법 소녀 사이트의 몇 가지 비밀을 알아냈지만, 마법 지팡이를 너무 많이 사용해 의식불명에 빠졌다. 아야와 츠유노는 리나의 의식을 돌아오게 해줄 치유자를 찾아 나서지만, 뜻밖의 새로운 마법 소녀를 만나게 된다.

새로운 마법 소녀 아나자와 니지미는 리나가 죽기를 바라지만 아야와 츠유노는 여전히 리나의 의식을 돌아오게 할 방법이 없다. 이 문제에도 불구하고 아야의 삶은 츠유노를 만난 후에 점점 나아지는 듯하다. 그러던 어느 날, 아야의 반에 새로운 전학생이 오게 되고, 그건 다름 아닌 니지미였다. 아야는 당황하지만 그녀를 도와줄 츠유노는 없다.

가장 친한 친구를 잃고 상처를 입은 시즈쿠메 사리나는 마법 소녀가 되어 아야에게 복수하기로 마음먹는다. 한편, 아야는 츠유노의 집을 찾아갔다가 위독한 상태의 츠유노를 발견한다. 과거의 악몽에 사로잡혀 있는 츠유노는 구급차를 부르려는 아야를 막는다. 츠유노의 비밀을 알게 된 아야는 눈물을 감추지 못하고, 츠유노는 아야의 눈물과 다짐에 감동한다.

아야와 츠유노는 사리나와 치명적인 결투를 벌인 후 의식이 없는 상태로 병원에 실려 간다. 한편, 니지미는 아야가 배신한 걸 알고 아야의 집을 찾아가 카나메를 만난다. 그날 밤, 여전히 의식이 없는 리나 앞에 한 소녀가 나타난다. 그 소녀 이름은 아마가이 코사메이며 치유의 힘을 가진 마법 지팡이를 가지고 있다. 코사메는 자기의 마법 지팡이로 리나를 깨우고, 리나는 뜻밖의 진실을 알게 된다.

아야와 다른 소녀들은 마법 소녀들이 여러 명이고, 각각의 마법 사이트에는 별도의 관리자가 있으며, 리나가 폭풍에 대해 알고 있던 정보는 가짜였다는 걸 알게 되었다. 그들은 사이트에 숨겨진 진실을 찾아내고 끝까지 살아남기 위해 코사메와 다른 사이트의 마법 소녀들과 힘을 모으기로 했다. 하지만 그러려면 여전히 리나의 생명을 노리는 니지미와도 협력해야 한다.

아야의 제안으로 마법 소녀들은 한가한 시간을 즐기러 해변으로 왔지만 아야는 이 여행을 계획한 숨은 의도가 있다. 아야는 츠유노에게 그동안 여러모로 자기를 도와줘서 고맙다고 말하고, 두 소녀는 서로에게 우정을 약속한다. 하지만 그들이 해변 별장으로 돌아왔을 때 니지민의 팬티 마법 지팡이를 도난당했다는 것을 알게 된다.

니지미의 마법 지팡이를 훔친 사람은 아야의 오빠 카나메이다. 아무한테도 그 사실을 말할 수 없는 아야는 츠유노와 다른 마법 소녀들과 함께 사유키의 집을 방문한다. 한편, 카나메는 자기에 대한 니지미의 감정을 이용해 그녀의 마법 지팡이를 훔친 후 새로운 계획에 착수한다. 카나메는 이미 살인을 저질렀고 또다시 살인을 저지르는 걸 주저하지 않을 것이다. 카나메는 모든 마법 소녀를 죽이고 그들의 마법 지팡이를 빼앗기 위해 아야에게 접근한다.

니지미는 카나메로부터 자신의 협력자들을 지키려다 죽게 되고, 아야는 자책하며 방에 틀어박혀 나오지 않는다. 하지만 아야는 츠유노를 만난 후로 변했다. 아야는 더 강해지기로 마음먹고 츠유노의 말 덕분에 기운을 차린다. 뜻밖의 인물이 아야를 보살펴주고, 굳은 다짐을 한 아야가 니지미의 장례식에 모인 친구들 앞에 모습을 드러낸다.

마법 소녀들은 사이트 관리자들이 새로운 마법 소녀에게 마법 지팡이를 전달해줄 때를 기다렸다가 그들을 잡아서 사이트의 비밀을 알아내고 살아남을 방법을 모색할 계획이다. 마법 소녀들은 자신들의 능력을 최대한 발휘하고 드디어 적절한 기회가 찾아온다. 사이트 관리자가 목표물이 다니는 중학교에 나타났을 때 아야와 츠유노, 리나는 그곳에 숨어서 기다린다.

사이트 관리자의 정체는 인간 여자애로 밝혀졌다. 츠유노는 아야와 친구들을 지키다가 죽지만 새로운 사이트 관리자 후보로 되살아난다. 츠유노는 아야를 죽여서 공식적인 사이트 관리자가 되라는 명령을 받는다. 옛 기억을 상실한 츠유노는 초인적인 힘으로 아야를 공격한다. '강해져야 해'라는 츠유노의 마지막 말을 떠올리며 아야는 싸우기 시작한다.