Año 1999, han transcurrido 11 años desde la lucha a muerte de Jotaro Kujo contra su archienemigo DIO en Egipto. Ahora, Jotaro viaja a Morioh en la ciudad S de la prefectura M de Japón para buscar a Josuke Higashikata, el hijo secreto de su abuelo Joseph Joestar. Al encontrarlo, descubre que Josuke posee su propio stand y de repente, aparece un nuevo grupo de usuarios de stand.
