シドニアの騎士【プライム会員なら第3話までお試し無料】

謎の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）によって太陽系を破壊され、わずかに生き残った人類は巨大な恒星間宇宙船シドニアでの旅を余儀なくされた。その出航から、約1000年――。 シドニアの地下で祖父にひっそりと育てられた谷風長道（たにかぜ ながて）は、祖父の死後、食料が尽きたことで地上へ出ると、米泥棒の容疑で逮捕されてしまう。その後、ある理由で保護され、人型巨大装甲・衛人（モリト）の操縦士訓練学校に入学することになるのだが・・・・・・。学校で待ち受けていたのは、初めて交流することになる祖父以外の人間たちだった。一方、時を同じくして、シドニアの前には奇居子が100年ぶりに姿を現そうとしていた。

資源の採掘任務を命じられ、小惑星へ出撃した訓練生たち。任務は簡単なものであるはずだったが・・・・・・突如、採掘地点に奇居子（ガウナ）が出現し、訓練生たちへ攻撃を仕掛けてきた。奇居子への唯一の対抗兵器・カビザシを持たず、為す術のない訓練生たち。艦長は、奇居子を少しでも遠ざけようと、シドニアに搭載された重質量砲の発射を命令する。

シドニアのお祭り、重力祭りが佳境を迎える。赤井班のメンバーと岐神は衛人の模擬戦「重力杯」を勝ち抜き、長道と星白は縁日を楽しんでいた。それぞれが重力祭りを過ごす中、長道の存在が衛人操縦士たちに大きな影響を及ぼしはじめる。ある者は長道の戦闘を参考にし、ある者は長道に嫉妬、そしてある者は長道に惹かれていった。一方、司令部では排擲した奇居子がシドニアに向かっていることが報告される。交戦までの猶予は2日しかなかった。

After a disaster aboard Sidonia, Nagate and his team are ordered to retrieve a valued weapon. He later defies orders to save a friend.

奇居子の攻撃によって星白機が大破。星白は辛くも脱出するが、宇宙を漂流することになってしまう。星白を救いたい長道は司令部の命令に背き、これ以上進めば帰還できなくなる帰還臨界線を越えて、一人星白の捜索に向かった。しばらくして星白の脱出ポッドを発見する長道だが、継衛のヘイグス粒子が尽き、2人はともに漂流生活を送ることに。極限状態の中、自分の過去を語り出す長道。2人の距離は徐々に近づいていって・・・・・・。

256機の衛人によって救出された長道と星白。シドニアへ戻ると、長道は英雄的な扱いを受けるまでに至り、長道を煙たがっていた訓練生たちからも一目置かれるようになっていた。そんな中、先の戦いでの活躍が評価された長道、岐神、星白、仄焔が正規操縦士に任命される。任命式後のパーティでは、過去のことは忘れようと岐神が長道に近づくが、長道は納得のいかない表情を見せる。そんな2人の手を取ろうとしたのは、星白だった。

The enemy is revealed to be even larger and deadlier than previously believed, resulting in three squads engaging in a deadly fight.

Nagate is blamed for a defeat and harbors guilt over a casualty; the early years of Sidonia are revealed.

The Gauna find a distressing way to demoralize and out-fight the attack force. Nagate returns to Sidonia with a prize that may help in the fight.

基底湖に面した景勝地へ旅行することになった長道、イザナ、纈。気分転換のためにという纈だったが、本当の目的はある男が残したとされる研究施設の探索だった。男の名は落合。第四次奇居子防衛戦ののちに処刑された科学者だという。纈は研究施設の場所を突き止め、施設へ続く鍵を秘密裏に入手していた。長道とイザナを連れて施設のある基底湖の底へ向かうと、最上位船員しか立ち入りが許されない最厳重警備隔離施設に意図せず辿り着いてしまう。

シドニアの進路上に胞衣で小惑星を丸ごと飲み込んだ巨大奇居子が出現する。シドニアは斜め加速で衝突軌道を外れるが、奇居子も進路を転換。再び衝突軌道へ入る。衝突までの猶予がない中、纈は対惑星誘導飛翔体による小惑星の破壊を命令。しかし周囲の奇居子による直前回避や迎撃が予測されるため、衛人隊には飛翔体着弾までに周囲の奇居子を殲滅する任務が与えられた。衛人隊は量産された新兵器、超高速弾体加速装置と奇居子本体貫通弾を装備し、出撃するのだった。

Nagate fights one-on-one with the heart of his enemy while the strike force does not fare well in its attack on the Gauna.