Hanna vender tilbage til Meadows med sit cover som loyal elev intakt, takket være John Carmichael, ansvarlig for elevprogrammet, som Marissa har tvunget til at hjælpe. Mens eleverne forbereder sig på deres første missioner, kontakter Marissa en CIA-analytiker i Wien, som står på listen over mål, for informationer. I Paris møder Hanna sit mål Abbas, en karismatisk, ung aktivist.

Hanna kan ikke glemme Abbas og bryder reglerne og besøger ham, mens Marissas verden falder sammen, da hun genkender Formanden fra Hannas billede. Da Hanna og Marissa planlægger at sabotere det næste mord, vækker en lille fejl mistanke. Hanna tager sig af Utrax-agenten, der sendes for at efterforske det, men Carmichaels forræderi afsløres, hvilket fører til, at Hanna og Marissa falder i baghold.

Hanna og Marissa rykker hurtigt, nu hvor de er afsløret. Planen er at tage til Wien, da de mener, det er Pioneer-hovedkvarteret og hjemsted for Utrax, men først søger Hanna efter Abbas. Marissa fortsætter til Wien. Begge uden at vide, at de er på vej i en fælde.

Hanna og Marissa bryder ind i Pioneers hovedkvarter og opdager den grufulde sandhed bag listen, og hvordan den udformes. Mens de er derinde, konfronterer Marissa Evans (aka Formanden), hvilket efterlader Hanna til at flygte med beviserne for at fælde programmet.

Hanna og Marissa har næsten tabt. Hanna holdes fanget af Evans, mens beviset, Marissa er i besiddelse af, viser sig at være krypteret og ubrugeligt. Da Hanna forsøger at flygte, opdager hun noget, der kan være nøglen til at fælde Pioneer, men Evans' brutale afhøring vil måske nedbryde Hanna, før hun kan bruge det.

Hanna og Marissa vender tilbage til Pioneer-hovedkvarteret som fanger, men med en mission om at dekryptere beviset, der kan fælde programmet. Da de opdager, at Abbas og hans datter er i fare, haster de af sted for at redde dem. I skovene udenfor Wien må Hanna redde Abbas, mens Marisssa konfronterer Evans en sidste gang.