Aya Asagiri ne se sent chez elle nulle part. Harcelée à l'école et abusée par son frère chez elle, elle passe ses jours à vouloir mourir. Un jour, Aya tombe sur un mystérieux site web, le Magical Girl Site. Le site offre de lui donner une baguette magique et de la transformer en Magical Girl. À l'école le lendemain, elle découvre une étrange baguette en forme de pistolet dans son casier...

Tsuyuno Yatsumura est une autre Magical Girl qui a reçu une baguette du Magical Girl Site. La baguette de Tsuyuno peut arrêter le temps. Elle l'a utilisée pour se venger de Sarina Shizukume. Tsuyuno prévient Aya. Utiliser la baguette raccourcit la durée de vie, quelqu'un cherche à tuer les Magical Girls pour récupérer leurs baguettes, et cette personne se rapproche.

La Chasseuse de Magical Girls qui a tué plusieurs d’entre elles s’avère être une Magical Girl nommée Rina Shioi. Rina fait cela pour survivre à la "Tempête" et découvre certains des secrets du site, mais perd conscience après avoir abusé de sa baguette. Aya et Tsuyuno cherchent un guérisseur capable de réveiller Rina, mais font la rencontre d’une Magical Girl à laquelle elles ne s’attendaient pas.

La nouvelle Magical Girl, Nijimi Anazawa, veut la mort de Rina, mais Aya et Tsuyuno ne peuvent rien pour tirer Rina hors du coma. Malgré cela, Aya semble mener une plus belle vie après avoir fait la rencontre de Tsuyuno. Jusqu’au jour où arrive dans sa classe une nouvelle élève, qui n’est autre que Nijimi ! Aya panique, mais Tsuyuno n’est pas là pour l’aider.

Après avoir perdu sa meilleure amie et avoir été blessée, Sarina Shizukume devient une Magical Girl et jure de se venger d'Aya. Pendant ce temps, Aya cherche Tsuyuno et la trouve dans un état critique. Hantée par son passé, Tsuyuno empêche Aya d'appeler une ambulance. Quand elle apprend le secret de Tsuyuno, Aya ne peut retenir ses larmes. Tsuyuno est émue par les larmes et la détermination d'Aya.

Aya et Tsuyuno sont amenées à l'hôpital après avoir affronté Sarina. Quand elle apprend qu'Aya l'a trahie, Nijimi se rend chez les Asagiri et parle à Kaname. Cette nuit-là, une fille du nom de Kosame Amagai s'introduit dans la chambre de Rina. Elle est en possession d'une baguette magique aux pouvoirs de guérison qu'elle utilise pour sortir Rina du coma. Elle fait alors une révélation inattendue.

Aya et les autres apprennent qu'il y a plusieurs Magical Girls Sites, chacun géré par un administrateur, et que les informations de Rina sur la Tempête sont fausses. Elles décident de s'unir avec Kosame et les Magical Girls d'un autre site afin de découvrir ce qui se cache derrière les sites et survivre. Mais pour cela, elles devront s'allier à Nijimi, qui veut toujours la mort de Rina.

Le groupe va à la plage, à la suggestion d’Aya, pour tenter de se relaxer. Mais Aya a une raison cachée derrière ce voyage. Elle dévoile à Tsuyuno combien elle est reconnaissante pour tout ce qu’elle a fait, et les deux jeunes filles se font une promesse. Mais, au retour à la maison sur la plage, elles découvrent que la culotte baguette magique de Nijimi a disparu !

Celui qui a volé la baguette de Nikimi est le frère d'Aya, Kaname. Ne pouvant le dire à personne, Aya va dans la maison de Sayuki avec Tsuyuno et les autres. Kaname met un plan à exécution après avoir profité des sentiments de Nijimi pour lui voler sa baguette. Kaname a déjà tué et n’hésitera pas à tuer à nouveau. Kaname se dirige vers Aya pour tuer les Magical Girls et prendre leurs baguettes.

Nijimi a trouvé la mort en protégeant ses alliées de Kaname. Aya se le reproche et s'enferme dans sa chambre. Toutefois, elle a changé depuis sa rencontre avec Tsuyuno. Elle est maintenant plus forte. Les mots de Tsuyuno l'aident à se relever. Une personne inattendue veille sur elle. C'est une Aya déterminée réapparaît devant ses amis aux obsèques de Nijimi.

Le plan des Magical Girls est d’attendre qu’un administrateur donne une baguette à une nouvelle Magical Girl pour les capturer, les forcer à révéler les secrets du site, et trouver un moyen de survivre. Elles utilisent leurs dons au maximum et le moment arrive enfin. Aya, Tsuyuno et Rina attendent leur cible à son école quand soudain, l’administrateur apparaît.

Il semble que l'administrateur soit une humaine. Tsuyono meurt en protégeant Aya et ses amies, mais elle est ramenée à la vie comme candidate pour être administrateur. Tsuyuno doit tuer Aya pour devenir officiellement administrateur. Ayant perdu la mémoire, Tsuyuno attaque Aya avec une force surnaturelle. "Sois forte." En se souvenant des derniers mots de Tsuyuno, Aya commence son combat .