NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

ワシントンＤＣで車が爆発し、死者が出た。NCISチームの捜査により、NCIS特別捜査官ニコラス・"ニック"・トーレス（ウィルマー・バルデラマ）が関係していることが判明。それは半年前にアルゼンチンで潜入捜査中に失踪した人物だった。

NCISチームは、クワンティコ基地で行われていた同窓会で起きた死亡事件の捜査に乗り出す。すると爆破計画と窃盗集団の存在が明らかになる。一方、トーレスとクインは新しいデスクの配置も決まり、ギブスのチームになじんでいく。

海兵隊の女性軍曹がビルから転落する事件が発生。ギブスは女性軍曹の担当医であるグレイス・コンファローン医師（ローラ・サン・ジャコモ）から、この件を殺人事件として捜査すべきだと言われる。一方、トーレスは新しい家を探す。

民間人が艦船内に宿泊できるイベント「タイガー・クルーズ」のさなか、駆逐艦の船内で海軍大尉の死体が発見される。ギブス、クイン、パーマーが捜査へと向かう。

行方不明になっている MI6 捜査官と殺害された下士官との関連が判明。ギブスはクインとビショップをフィラデルフィアへと送り込み、MI6 捜査官クレイトン・リーヴス（ドウェイン・ヘンリー）と協力するよう指示する。一方、クインは現場を離れるきっかけとなった NCIS での過去の痛ましい事件について語る。

誘拐されていた女性下士官が、監禁先から逃げ出す。NCISチームは、行方不明になっている彼女の夫と誘拐事件との関連を調べる。一方、アビーはチームの新メンバーそれぞれに手編みのプレゼントをする。

NCISで捜査中の事件の証人が、移民関税執行局の強制送還の対象になっていることが判明。それを知ったトーレスは、大胆にも規則を破ってしまう。一方、アビー、ビショップ、マギーは、アンソニー・ディノッゾ・シニア（ロバート・ワグナー）から、トニーの空き部屋を借りないかと話を持ちかけられる。

従軍聖職者が殺された事件の証拠を集めるため、グアンタナモ基地に派遣されたビショップ。そこで彼女は、NSAでの過去の仕事について、疑問を抱き始める。

ジェナ・フレミング下院議員（メアリー・スチュアート・マスターソン）に対する一連の脅迫がエスカレート。NCISチームが捜査を担当する。ヴァンス局長の指揮の下で、一時的に議員の保護を行うことになる。

海軍大佐が殺害された事件の捜査線上に、ダッキーの亡き母親が浮上。ダッキーは37年前に自らが下した、人生の重要な決断について振り返る。

テロ行為を利用して株価を操作してきた、実業家を逮捕するための潜入捜査が失敗に終わってしまい、NCISチームは新たな手掛かりを探すことに。ビショップとカシーム（ラフィ・シルヴァー）は、事件の突破口を見つける。

ギブスは、NCISにおける最重要指名手配犯の兄弟を発見。すぐに昔の偽名を使って、悪名高い反政府組織への潜入捜査を開始する。一方、ビショップとリーヴスは非公式の捜査でパートナーを組むことに。

NCISチームは、ひき逃げ事件を捜査する。一方、パーマーはビルの縁に立って自殺しようとしている男を思いとどまらせて、助けようとしていた。

ワシントンDC郊外の小さな町で、下士官が殺害された。事件を捜査することになったNCISチームは、自費運営の探偵団「ザ・シャーロック」と再び協力し合うことになる。探偵団に新たなメンバーとして加わっていたのは、アンソニー・ディノッゾ・シニア（ロバート・ワグナー）だった。

国土安全保障省のシンクタンクが行う警備シミュレーションに参加するアビー。しかし彼女が所持する偽物の爆弾は本物へとすり替えられており、NCISの捜査でシンクタンクのリーダーが殺されていたことが分かる。

ギブスとチームがチェン関連の捜査で新たな手掛かりを発見したため、ビショップは殺害された恋人カシームの復讐を遂げようと、これまで以上に決意を固める。一方、トーレスはチームにスリの技術を教える。

マクギーの自宅が強盗に荒らされる。部屋の元所有者は有罪判決を受けた犯罪者だった。強盗は、その犯罪者が隠した高価な品を探していた。

死の間際にある水兵の最期の願いをかなえるため、ギブスとそのチームは当初、事故死だと判断された殺人事件の再捜査をする。この事件は、過去の悲劇的な出来事をトーレスに思い出させる。

戦没者記念碑を訪問する退役軍人を支援する非営利団体「オナー・フライト・ネットワーク」のイベントで、海兵隊員が殺害される。捜査に当たるNCISチームは、短気なベトナム戦争退役軍人に被害者の当日の行動の詳細について協力を仰ぐ羽目に...。

海軍中将のノートパソコンがランサムウェアに感染。個人情報や仕事のファイルが消去されるのを防ぐため、中将はマクギーとNCISチームにハッカーの追跡を依頼する。

海兵隊員が殺害され、トーレスがかつて捜査で１年間潜入していたギャングの関与が疑われる。トーレスは昔の捜査資料と人脈に頼らざるを得なくなる。

海兵隊軍曹の殺害された遺体が国立公園で発見される。ギブスとチームは騎馬警官隊の巡査部長メイ・ドーソン（エリザベス・ローム）と協力し、公園内で発生した一連の事件を解決する。

マクギーとデライラ（マーゴ・ハーシュマン）の結婚式が近づく中、準備のストレスからデライラが病院に救急搬送される。さらに、海軍の駆逐艦に乗船していた若くて健康な兵曹が睡眠中に死亡したため、チームは海へと出向く。

ネイビーシールズ隊員が非公式に訪問していたパラグアイの辺境で失踪する。ギブス、マクギー、トーレスの３人はパラグアイへと向かい、武装した反政府勢力が支配する地で消息を絶ったシールズ隊員の捜索を開始する。シーズン14最終話。