MacGyver

피닉스 재단을 그만두고 나이지리아로 떠난 지 3개월. 시즌 3 첫 회에서, 맥가이버는 잭이 이중 배신을 위해 손잡은 흉악한 독재자가 잭을 표적으로 삼았다는 소식을 듣고 아버지와의 갈등은 접어 둔 채 임무에 복귀한다.

특수 부대 시절 친구가 해외에서 위험에 빠졌다는 소식을 들은 잭. 즉시 구출 작전을 세우고 예전 특수 부대원을 전부 다시 소집한다. 다시 뭉친 잭의 부대원들은 테러범으로 몰려 도망자 신세가 된 옛 전우를 구하러 출발한다.

맥가이버, 라일리, 보저와 리애나는 대학 캠퍼스에 잠입하여 전 세계에서 치명적인 테러를 벌이는 학생들을 모집하는 위장 요원을 찾는다. 또 잭은 현상금 사냥꾼 빌리 콜턴(랜스 그로스)과 보석으로 나와 도주한 범인을 잡으러 다니지만, 빌리가 라일리에게 일자리를 제안한 것을 알고 걱정한다.

맥가이버와 라일리는 아픈 아들 때문에 제정신이 아닌 바실(C. 토머스 하월)과 함께 액체 산소가 든 트럭을 찾아 반군 점령 지역을 지나 늦기 전에 아동 병원으로 몰고 가야 한다. 한편 라일리는 아버지와 화해해야 할지 고민하는 맥가이버의 결정을 돕는다.

상부의 마약 카르텔 두목 포획 작전이 실패하자 맥가이버와 잭은 제임스를 구하기 위해 멕시코로 달려가 죽은 자의 날 축제가 벌어지는 도시 중심에서 추격전을 벌인다. 한편 보저와 라일리는 반역 행위가 의심되는 남성에 관한 정보를 입수하려고 핼러윈을 이용한다.

머독은 납치된 아들을 구하기 위해 맥에게 도움을 청한다. 맥을 끌어들이려 머독이 맥의 여자 친구 나샤를 납치한 것. 나샤의 목숨을 구하려면 머독의 아들을 구해야 한다.

매티는 맥가이버와 팀원들을 가나에 있는 전자 제품 폐기물 매립지로 보내고, 강한 권력을 휘두르며 폭력을 일삼는 매립지 운영자에게서 하드 드라이브를 되찾아오게 한다. 하지만 매티가 중요한 파일의 이름이 '드래곤플라이'라는 것 말고는 하드의 내용물을 밝히길 거부하자 팀원들은 매티에게 무엇이 그렇게 중요할지 추측한다.

아일랜드인 군 정보기관 요원이 맥이 오랫동안 쫓던 위험한 폭탄 제작자 고스트의 소재를 안다며 접근한다. 맥가이버와 요원들은 고스트를 잡기 위해 위험한 작전에 나선다.

애틀랜타의 질병통제센터에서 치명적인 바이러스 약병이 사라진다. 맥가이버와 요원들은 범인이 세계 대유행을 일으키기 전에 약병을 회수하기 서둘러 출동한다.

매티는 팀에게 충격적인 비밀을 털어놓는다. 8년 전 범죄 조직 S-컴퍼니에 위장 잠입한 CIA 요원 이선 레인즈가 매티의 남편이었던 것. 이선의 정체가 조직에서 발각될 위기에 처하자 매티는 팀과 함께 구출 작전에 나선다

맥과 잭은 라스베이거스로 주말여행을 떠나지만, 과거에 인연이 있는 누군가가 둘을 납치해 콘크리트 방에 가두며 짧은 휴가는 끝이 난다. 또한 매티는 라일리, 보저, 리애나에게 밀라노에 가서 테러 정보가 담긴 공주의 다이아몬드를 훔쳐 오라는 임무를 맡긴다.

낮에는 평범한 아이 엄마지만 밤에는 천재 도둑으로 변신하는 여성이 피닉스 요원들과 힘을 합쳐 방사능 폭탄 절도를 의뢰한 지하 세계 범죄자를 쫓는다.

맥은 라일리와 보저와 함께 산속으로 들어가 야생 생존 훈련에 들어간다. 음식과 물은 물론 휴대폰도 소지하지 않은 상황에서 맥이 범죄자들 무리에 납치되고 만다. 한편, S-컴퍼니에서 탈출했던 이선의 위치가 노출되자 매티는 다시 한번 이선과 그의 가족을 마주한다.

국제적인 범죄 조직의 보스가 매티에게 거절할 수 없는 거래를 제안한다. 이 보스는 미국으로 건너가 딸의 결혼식을 지켜보게 해 준다면 자수를 하기로 한다. 맥가이버와 팀원들은 범죄의 왕이 도망치는 것을 막기 위해 결혼식에 잠입하고, 결혼식을 기다리고 있던 건 자신들뿐이 아니라는 걸 깨닫는다.

피닉스에 새로 들어온 팀원인 데지를 만난 후, 맥가이버와 팀원들은 ATF(주류, 담배, 화기 단속국)의 총기 탐지견과 함께 밀수 무기를 찾으러 간다.

맥가이버가 설계한 레이저 지도 시스템을 테스트하던 비행기가 추락하고, 맥가이버는 조종사의 시신을 회수하러 떠난다. 한편 라일리는 자신의 신상을 턴 해커의 신분을 알아내려 한다.

맥가이버와 팀원들은 보안이 철저한 종자은행의 금고 안에서 흔적도 없이 사라진 남자를 찾으러 북극 근처 오지로 떠난다.

죽은 줄 알았던 니콜라스 헬먼이 다시 나타나 세 명을 살해하자, 피닉스는 그의 제자이며 그에 대해 가장 잘 아는 머독을 찾아가 도움을 요청한다.

맥가이버와 데지는 밀입국을 알선하는 범죄 조직을 쫓던 중 시리아 난민들을 도와준다. 한편 로스앤젤레스에 있는 보저는 폭탄이 설치된 상부의 차 안에 갇히는데…

세계 위험 명소를 찾는 '금지 구역 챌린지'에 도전 중인 미국 여행객 두 명이 실종된다. 피닉스 팀은 이들을 찾아서 집으로 데려오기 위해 배낭 여행객으로 위장한다.

매티의 전 남편 이선(브렌단 하인즈)은 범죄 조직 S-컴퍼니가 아내와 딸을 납치하자 매티에게 도움을 요청한다. 매티는 이선의 가족을 구하기 위해 반역죄를 범할지 말지 결정해야 하는 상황에 몰린다. 한편 라일리는 빌리 콜턴(랜스 그로스)과 마마 콜터(쉐릴 리 랠프) 일행에 합류하여 파리에서 임무를 수행하다가 가슴 아픈 사실을 발견하고 마는데...

맥가이버는 교활한 새 적수와 맞서게 된다. 적의 계획으로 맥은 친구의 목숨과 무고한 사람 수백 명의 목숨 중에서 하나를 선택해야만 하는 상황에 처한다. 또한 맥은 시즌 3 마지막 화에서, 아버지와의 관계에 쐐기를 박을 새로운 정보를 얻게 된다.