NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

ギブスとマクギーが、パラグアイのジャングルに潜伏する反政府勢力と戦うのを目撃されてから２ヵ月。ワシントンDCのNCISチームは、行方不明になっている２人の捜索を辛抱強く続ける。

墓地でひつぎを移動させていた作業員によって、１年半前に失踪した海軍大尉の遺体が発見されたため、NCISが捜査を開始することとなる。

トーレスと共に張り込みをしていた、DC警察の刑事が謎の失踪を遂げる。その後の捜査で、NCISは10年前の殺人事件に関する新たな証拠を発見する。

ヴァンス局長がカリフォルニア支局からの異動を手引きした、犯罪心理学者であり特別捜査官でもあるジャクリーン・"ジャック"・スローン（マリア・ベロ）を本部に迎える。

リーヴスが友人の誘拐現場を目撃した事件で、NCISチームは、誘拐の第一容疑者が２日前に軍事機密情報を持ち出したまま姿を消している人物と同一人物であることを突き止める。また、マクギーの10代の頃の恥ずかしい写真がネット上で話題になる。

ゴルフ場で下士官の遺体が発見された。マクギーは被害者のアマチュア無線を使って、事件解決のカギとなる目撃者の行方を追う。

10年前の自分の殺人の罪はでっちあげられたものだと主張する前科者が現れ、ギブスは独自に調査を開始。まずは、ダッキーが再度解剖することから捜査は始まる。

不思議な声に導かれ、ジョギング中のランナーが遺体を発見する。それはわいろと詐欺の容疑がかけられていたNCISの関係者だった。一方、マクギーとデライラは赤ちゃんの性別を事前に知るべきか、それともサプライズにするかで意見が分かれる。

MI6職員であるスローンの親しい友人が殺害され、NCISチームのメンバーたちは感謝祭の予定を返上して、国際的な武器商人の行方を追う。

トーレスとスローンは休暇中、アフガニスタンでアメリカ上院議員、ジョン・フィリップス（ジェームズ・モリソン）の護衛任務に就いていたが、議員の息子が集中治療室に搬送されたとの知らせを受け、急きょアメリカに戻ることになる。

ノーフォーク港で横行している麻薬密売を取り締まるため、NCISはおとり捜査を行うことに。トーレスとビショップは、雇われた犯罪カップルに扮して潜入捜査を行う。

海軍大尉の女性の遺体が発見された。自ら命を絶ったと思われたが、順風満帆で幸せそうな様子だったことから、ギブスたちは大尉の過去と現在の家族や友人に話を聞きながら、他殺の可能性も視野に入れて捜査を行う。

マクギーとトーレスは、ひき逃げ事件を目撃した女子高校生に会うため、ベル家を訪れる。その後、両親のクリストファー（ジェイミー・ケイラー）とジュリー（ガブリエル・カーテリス）は娘を連れて姿を消してしまい、NCISは窮地に追い込まれる。

行方不明だった海軍中佐の遺体が発見され、ヴァンス局長はギブスたちに、捜索を依頼されていた元FBI捜査官で現私立探偵のトバイアス・"T.C."・フォーネル（ジョー・スパーノ）と協力して捜査するよう命じる。

NCIS は、有罪判決を受けた殺人犯ポール・トリフ（フレンチ・スチュワート）と取引を結び、彼がかつて住んでいたマクギーの家に48時間滞在させることを許可するが...。

元海兵隊軍曹の退役軍人ジョン・ロス（クイズ番組「ザ・プライス・イズ・ライト」の司会者ドリュー・キャリー）が現役の海兵隊員たちに宛てて送った大量の支援物資のうちの一つからシアン化物が見つかった。ギブスたちはジョンにかかった疑いを晴らすべく奔走する。

テレビで古いこん棒を目にしたギブスとダッキーは、それが16年前の未解決殺人事件の犯行に使われて、いまだ発見されていない凶器ではないかと推測する。

NCISオフィスの屋上で遺体と爆発物が見つかり、本部に避難命令が出される。一方、チームのメンバーたちはダッキーが執筆中の本の初稿に目を通す。

NCISが担当した事件で、難民である孤児エレナ（リリー・ローズ・シルバー）がギャングの標的になっていることが判明する。ギブスはまだ10歳であるエレナを保護することになる。

ある暴行事件が起こり、保安官が被疑者である下士官を移送することに。しかしその途中、車が湖に転落。NCISは逃げた下士官を捜索する。

ギブスはサラ・カーター（スカイ・Ｐ・マーシャル）に母親の殺人事件を捜査するよう懇願される。彼女は、地元当局が誤った男を逮捕したと確信していた。

ある事件の証拠から、NCISチームの誰かが殺し屋に狙われていることが判明。報復をもくろむ人物を特定するため、チームは過去の事件の捜査資料をくまなく調べることに。（ポーリー・ペレットが出演する最後のエピソード）

ギブスは海で亡くなった友人の追悼式に参加し、亡くなったはずの海軍大佐フィリップ・ブルックス（ドン・レイク）に関する驚きの事実を知る。フィリップは乗っていた船が攻撃を受けたあと、岸まで泳ぎ、シェルターに隠れていたという。

かつてアフガニスタンでスローン（マリア・ベロ）を人質にとり、拷問した男はスローンが救出されたあとすぐに殺されたと考えられていた。しかしスローンは、男が生きていてワシントンＤＣに潜伏していると確信していて...。