Base de Cheyenne, Mountain Complex : la Porte des Etoiles vient d'être activée pour le retour du major Samantha Carter, du colonel O'Neil et de Teal'c. Les trois membres du SG-1 sont accueillis par le général Hammond, qui les félicite d'avoir réussi à sauver la planète P4X234.

Depuis plus d'une heure, la base de Cheyenne Mountain est en état d'alerte et doit faire face à une cinquième tentative d'intrusion par la Porte des Etoiles. Des inconnus demandent une aide militaire d'urgence. Mais le commandant Hammond est perplexe : ce sont peut-être des Goa'uld, cette ruse correspondrait bien à leur tactique.

La base de Cheyenne Mountain vient de capter un signal d'intrusion. La Porte des Etoiles est activée pour l'arrivée d'Anise, la nouvelle porte-parole des Tok'ra. Elle apporte avec elle de mystérieux bracelets découverts dans les ruines antiques d'une lointaine planète.

La prêtresse Shan'auc demande l'aide urgente du SG-1. Teal'c l'accueille chaleureusement, et il semble évident que les deux jeunes gens sont amoureux. Shan'auc confie à l'équipe qu'elle a découvert un moyen de communiquer avec le symbiote qu'elle porte en elle.

Le Haut Conseil de la Tok'ra effectue son premier voyage sur Terre, pour signer le traité officiel définissant l'Alliance des Nations contre les Goa'uld. Soudain, en pleine réunion, le major Graham, du SG-C, sort une arme et fait feu sur les membres de la Tok'ra, avant de se suicider.

En explorant un temple en ruine de la planète P4X639, l'équipe du SG-1 fait la connaissance d'un archéologue alien, Malikai. Une perturbation du champ magnétique les met alors en difficulté.

Une onde sismique de faible magnitude se produit en Sibérie, à l'instant même où l'équipe du SG-1 tente d'activer la Porte des Etoiles, qui ne répond plus. Apparemment, les Russes disposent également d'une Porte, que la marine a pu activer lors du récent crash d'un vaisseau d'Asgard.

Alors qu'il effectue des fouilles archéologiques sur la planète P3X388, Daniel Jackson fait une découverte exceptionnelle : le squelette d'un ancêtre Goa, un dangereux prédateur. Selon Daniel, les Goa'uld ont vécu pendant des millions d'années dans les océans de cette planète.

Des centaines de villageois, appelés les Enkarans, célèbrent leur transfert sur une nouvelle planète, en présence de toute l'équipe du SG-1, qui les a sauvés d'une mort certaine.

L'équipe du SG-1 se réveille au sein d'un mystérieux complexe souterrain, avec des tenues d'ouvriers. Ils ne se reconnaissent pas les uns et autres et ne se souviennent de rien : le gène de leur mémoire a été altéré.

Le quartier général du SG-C reçoit l'appel d'un inconnu qui affirme connaître l'existence de la Porte des Etoiles. Le mystérieux correspondant, dont l'appel a été localisé dans le Montana, souhaite rencontrer le colonel O'Neil.

Teal'c et le colonel O'Neil sont piégés dans un vaisseau ultra-rapide, fruit de technologies terrienne et Goa'uld, qui les entraîne à des milliards de kilomètres de la Terre.

Daniel Jackson apprend la mort brutale de son ancien professeur d'archéologie, le Dr. Jordan, dans l'explosion de son laboratoire. Quelques jours avant le drame, le Dr. Jordan et son adjoint faisaient des recherches sur des objets antiques, prêtés par le gouvernement égyptien.

En tentant d'organiser une rébellion Jaffa, Teal'c est fait prisonnier par les Goa'uld, qui souhaitent se servir de lui comme monnaie d'échange. A la base de Cheyenne Mountain, le SG-C vient d'intercepter une conversation entre Apophis et Heru'ur.

Le général Hammond annonce qu'il cessera désormais d'assurer le commandement du SG-C. Sa démission est une stupéfaction pour tout le monde, à commencer par le colonel O'Neil, qui ne comprend pas cette décision.

2010. Le Président des Etats-Unis félicite l'ex-unité du SG-1 : il y a dix ans, le Colonel O'Neil et ses coéquipiers sont entrés en contact avec une race alien inconnue, les Aschen, dont la technologie et l'armement ont permis de vaincre les Goa'uld.

Le SG-1 se rend sur la planète Abydos afin de résoudre un étrange mystère : une tempête de sable murmure le nom de Daniel Jackson. Soudain, un enfant apparaît. Il s'avère être porteur de la mémoire génétique de tout le peuple Goa'uld.

L'équipe du SG-1 est stupéfaite d'apprendre le suicide du lieutenant Barber, qui était rentré de la planète Mob 2 48 heures auparavant. Il avait évoqué l'existence, sur cette planète, d'une prodigieuse source lumineuse qui envoûtait ceux qui la regardaient trop longtemps.

Le colonel O'Neil et Teal'c acceptent une mission de routine sur M4C862, une Lune appelée à devenir une station de recherche permanente du SG-C. Pendant ce temps, le major Samantha Carter donne des cours de cosmologie à l'Air Force Academy. Elle y fait la connaissance d'une jeune élève-officier, Jennifer Hailey.

Une sonde est lancée à travers la Porte des Etoiles. Quelques secondes plus tard, elle renvoie des images d'une Lune inconnue, sur laquelle s'érigent d'étranges édifices. Très vite, la sonde ne répond plus aux commandes, puis un énorme court-circuit anéantit d'un seul coup tous les systèmes de contrôle de la Porte, y compris la commande de l'Isis.

L'équipe SG-1 a été clonée. Les quatre répliques synthétiques sont en difficulté sur la planète P2X729. Il leur reste moins de 24 heures d'autonomie. Le général Hammond hésite à envoyer une équipe de sauvetage pour récupérer les clones.

Le moment est venu pour la Tok'ra de quitter le SGC pour une nouvelle base, plus certaine, sur une autre planète. Tanith est capturé et révèle à Apophis où se cachent les Tok'ra.