في فترة تَحارب ولايات "اليابان"، عقد اللورد "دايغو كاجيميتسو" اتفاقيةً مع 12 شياطانًا، ويقدم لهم ابنه الذي لم يولد بعد مقابل ازدهار أراضيه. وبعد سنوات، هاجم اللص الشاب "دورورو" غول ولكن تم إنقاذه على يد صبي غامض، والذي تبين أن أجزاء جسده أطراف اصطناعية بالكامل تقريبًا.

يتصادف "دورورو" و"هاياكيمارو" في قرية ويتمّ أخذهما لرؤية حاكمتها السيدة "بانداي". لكن يسل "هاياكيمارو" سيفه لسبب غير واضح في حضرتها ما يدفع سكان القرية إلى حجزه مع "دورورو" في مخزن ويتبيّن أنهما ليسا الوحيدين المحجوزين هناك...

"جوكاي" طبيب يركّب أذرع وسيقان للأشخاص الذين خسروا أطرافهم خلال الحرب. في يوم ما، يجد على ضفة النهر طفلاً صغيراً يفتقد معظم أطراف جسده. يقرر الطبيب تربية الولد الذي يسميه "هاياكيمارو". يزوّد "جوكاي" الطفل بأطراف صناعية لكن يحين الوقت ليخوض "هاياكيمارو" رحلة لاستعادة أطراف جسده الحقيقية.

يتعارك "دورورو" و"هاياكيمارو" وجهاً لوجه مع "تانوسوك" السفاح الذي يملك سيفاً ملعوناً يسكنه شيطان. يتمكن "هاياكيمارو" من التصدي لـ"تانوسوك" لكن سيف الشيطان يقع في يد "دورورو" ويبدأ بالسيطرة عليه.

بينما يكافح للتأقلم في عالم غير مألوف من الأصوات، يتعرض "هاياكيمارو" لإصابة خلال خوضه معركة مع غول ويؤخذ لتعالجه فتاة اسمها "ميو" تعتني بالأطفال الذين يتمتهم الحرب. لكن بعد أن يعرف بوجود شيطان قريب منه، يخرج "هاياكيمارو" ليقاتله قبل أن يتعافى بالكامل.

يستعيد "هايكيمارو" صوته في معركة مع شيطان لكن يخسر فيها ساقه. بعد العودة إلى المعبد القديم لمعالجة جروحه، يستعد مرة أخرى لخوض مواجهة مع الشيطان. في تلك الأثناء، تنتظر "ميو" والأولاد في المعبد لكن...

يتعرض الغول الذي يشبه العنكبوت إلى إصابة من قبل "هاياكيمارو". ومن أجل أن يشفي نفسه، يتحوّل إلى امرأة ويستغل حسن ضيافة شاب اسمه "ياجيرو". بعد أن يفلت "جوروغومو" منهما، يتوقف "دورورو" و"هاياكيمارو" في قرية حيث يسمعان شائعات تشير إلى وجود خاطف طليق فيها.

تضحي قرية معيّنة بالفتيات الصغيرات كجزء من ممارسة طقوس التضحية من أجل إرضاء شيطان عملاق يظهر على هيئة حريشة بين الغيوم السوداء. يتحد "هاياكيمارو" و"دورورو" مع "سارو"، وهو ولد ضحوا بأخته، ويواجهون الشيطان معاً.

Dororo comes down with a high fever. While woozy from its effects, the youngster catches a glimpse of some red spider lilies, which stirs up memories of past days spent with parents Hibukuro and Ojiya.

A village within Daigo’s domain is being terrorized by a ghoul that dwells in a nearby lake. Tahomaru, accompanied by his aides Hyogo and Mutsu, volunteers to exterminate the ghoul.

After entering Lord Daigo’s domain, Dororo and Hyakkimaru hear tales of Banmon, the huge wall that is the last remnant of a fort that once stood on the border. Hyakkimaru squares off against the fox demon that haunts the wall.

Kagemitsu, who offered up his own son to the demons. Hyakkimaru, who is trying to get back the body parts that were taken from him. As if drawn together by fate, they face each other.

Having left Daigo's domain, Dororo finds a statue of Fudo, one of the wisdom gods. But the statue is actually a demon that is harvesting humans' faces in an attempt to find one for itself.

Dororo and Hyakkimaru come across an abandoned, burnt-out temple, where they meet a man named Sabame who rules the surrounding area. Sabame invites the two of them to his residence and tells them the story behind the burnt-out temple and the ghoul that haunts it. However, Dororo and Hyakkimaru suspect that he might not be telling the truth.

Sabame has been feeding people to the demons to protect the village over which he rules. As Hyakkimaru once again confronts the demon moths, Dororo gets trapped in a storehouse.

Dororo has been captured by Itachi and is being taken to the cape where Hibukuro supposedly hid the money. As Itachi and his men look for boats to get across to the cape, they are approached by a one-armed boy named Shiranui.

Jukai is reunited with a bloodied Hyakkimaru at the site of a recent battle, and finds out the truth of how Hyakkimaru and the demons are connected. Hyakkimaru asks Jukai for a new prosthetic leg, but...

The shark demon lets out a roar and attacks Dororo, who is tied up and unable to move. Meanwhile, a troop of soldiers commanded by Tahomaru is also approaching the cape.

To fix Hyakkimaru's broken sword, he and Dororo travel to a village where a master swordmaker named Munetsuna lives. Upon arriving at Munetsuna's house, they are met by his daughter Okowa.

While traveling along a mountain path in search of a demon, Dororo and Hyakkimaru encounter a young man named Dice-spot Saburota. The man says that he too is hunting the demon, and they set off to exterminate it together.

Daigo Kagemitsu continues to prepare for war with the neighboring land of Asakura. Upon receiving word that Hyakkimaru is approaching his domain, Kagemitsu sends Tahomaru to dispose of him.

Inside Daigo's castle, Lady Nui appears before the cell in which Dororo has been imprisoned. Meanwhile, Hyakkimaru is also approaching the castle as he tries to take back both his body and Dororo. Behind Hyakkimaru stands Midoro, who has transformed into a ghoul.

Hyakkimaru comes face to face with Tahomaru, Mutsu and Hyogo, who have been possessed by the power of demons. Dororo, Lady Nui and Biwamaru hurry to the scene, where they witness a ferocious battle that will determine the future of the land of Daigo.

Daigo's castle is engulfed in flames. Within, two brothers by blood are at the mercy of fate. Dororo, Jukai and Lady Nui also head for the castle, each with their own thoughts weighing down upon their hearts. For a life that began with a silenced cry, where will the path of destiny lead?