Une ombre plane sur Sacha, Flora et leurs amis alors qu'ils parcourent la région de Hoenn, et ce n'est pas celle du Mont Chimnée : la Team Magma et la Team Aqua ont mis leurs plans à exécution et nos héros sont pris dans la tourmente ! Lorsqu'ils ne sont pas occupés à déjouer des plans machiavéliques, Sacha et Flora poursuivent leurs objectifs personnels.
