El distrito Shiganshina es una ciudad rodeada por un muro que supera los 50 metros de altura. Sus habitantes construyeron este muro colosal para protegerse del ataque de los Titanes. Eren, un chico que sueña con aventurarse en el mundo exterior, y Mikasa, quien mejor le comprende, viven pacíficamente intramuros. Un día se enteran del regreso del Cuerpo de Exploración.

El ataque de los Titanes al distrito Shiganshina cambia la vida de sus habitantes. La gente huye presa del pánico mientras los Titanes los van devorando uno tras otro. Ante semejante espectáculo dantesco, a la humanidad le queda bien patente que no es más que alimento para los Titanes. Eren se siente impotente al no poder salvar a su madre y comienza a albergar un profundo rencor hacia ellos.

El método más efectivo para matar Titanes es una técnica conocida como “Maniobras Tridimensionales” y Eren, Mikasa y Armin se enrolan en el cuerpo de instrucción para aprenderla. Durante el duro entrenamiento a que los somete Keith empiezan a congeniar con sus compañeros, de distinta procedencia y forma de pensar.

Después de tres años en el cuerpo de instrucción sometidos al duro entrenamiento de Keith, Eren, Mikasa, Armin y los demás están a punto de graduarse. Mientras tanto, Eren se da cuenta de una contradicción inherente a su formación: perfeccionar las Maniobras Tridimensionales y otras habilidades para matar a los Titanes es una oportunidad para alejarse lo máximo posible de ellos.

Cinco años después de la tragedia de Shiganshina, Eren se enfrenta al Titán Colosal que provocó la caída del Muro Maria. Acciona su equipo de Maniobras Tridimensionales para alcanzar su punto débil, pero pierde de vista al Titán entre una nube de vapor. Mientras tratan de reparar la puerta exterior destruida y el muro, Eren y los demás se disponen a contener una segunda oleada de Titanes.

Thomas, Nac, Mylius, Eren... Los cadetes de la 34ª unidad van cayendo uno tras otro frente a los Titanes. Armin es el único superviviente y cuando Conny acude a su rescate le encuentra traumatizado, incapaz de aceptar la realidad. Mientras tanto, Mikasa, que lucha en otra unidad, empieza a recordar el momento en que conoció a Eren.

Suenan las campanas de retirada pero el grupo de Jean, Conny y Armin no puede trepar por los muros porque sus equipos de Maniobras Tridimensionales se han quedado sin gas. Mikasa los alcanza y les propone dirigirse al cuartel general, donde se han atrincherado los reservistas.

Armin sugiere la idea de derribar a los Titanes que se encuentran cerca del que salvó a Mikasa para que este se dirija hacia los Titanes que pululan alrededor del cuartel general. A Mikasa le parece bien el plan y se lleva a Conny como apoyo. Por otra parte, Jean y los demás logran abrirse paso a duras penas entre los Titanes que bloquean el camino.

Trost se convierte en el escenario del enfrentamiento a muerte entre la humanidad y los Titanes. Armin vio como un Titán se comía a Eren, pero su amigo se transformó en Titán y salvó a Mikasa. Sin embargo, Kitz y la guarnición que lidera desconfían y dirigen sus armas contra ellos. Cuando Kitz le pregunta qué diablos es, si un hombre o un Titán, Eren no sabe qué responder.

Un Titán que se transforma en humano... Cegada por el miedo, la tropa de la guarnición hace oídos sordos a las explicaciones que dan Armin y Eren y les disparan con un cañón. En ese momento, la parte superior de Eren se transforma en un Titán y consigue proteger a sus amigos. Antes de que se evapore el esqueleto del Titán bajo el que se encuentran, Eren debe tomar una decisión.

Pixis, el comandante en jefe de los territorios del sur, informa a la Tropa de Guarnición del plan para recuperar Trost. Consiste en que Eren, convertido en Titán, empuje la roca para cerrar el boquete abierto en el muro. Los Titanes no dejan de entrar en Trost y no pueden perder ni un segundo.

Eren, convertido en Titán, alza el puño contra Mikasa. Durante la operación de reconquista de Trost, Eren se queda sumido en una profunda oscuridad y, cuando se da cuenta de que está a punto de atacar a Mikasa de nuevo, se golpea a sí mismo en la cara y se queda inmóvil mientras tres Titanes se aproximan a él...

Armin no deja de hablarle al Titán Eren hasta que finalmente despierta y empieza a mover la gigantesca roca. Mientras tanto, Ian dirige a la unidad de élite que, a pesar de saber que le espera una muerte casi segura, se lanza contra los Titanes que habían entrado en Trost y que se dirigían hacia Eren.

La reacción ciudadana ante la transformación de Eren en gigante fue variada. Los habitantes del muro interior le temen como un monstruo que traerá la destrucción, mientras que los que viven en el muro exterior le consideran un salvador que les devolverá la esperanza. El gobierno central somete a juicio la custodia de Eren.

El comandante en jefe decide que Eren se incorpore al Escuadrón de Operaciones Especiales, también conocido como el Escuadrón Levy. Este escuadrón está formado por los soldados más brillantes del Cuerpo de Exploración, pero también tienen las personalidades más excéntricas. Un mes más tarde salen en una expedición a gran escala más allá de los muros.

Alguien ha matado a los dos Titanes que capturó con vida el Cuerpo de Exploración. Las sospechas también se dirigen hacia los cadetes de la promoción 104, que son interrogados. La investigación termina sin encontrar al culpable y para los cadetes se acerca el momento trascendental de decidir a qué cuerpo incorporarse.

Varios cadetes de la promoción 104, entre ellos Mikasa, Armin y Jean, se unen al Cuerpo de Exploración al mismo tiempo que Eren y salen en la 57ª Expedición más allá de los muros bajo el mando de Erwin. Intentan llegar a su objetivo aplicando la formación de exploración para largas distancias, que debería permitirles evitar el contacto directo con los Titanes.

El Titán Hembra ha diezmado la formación en el flanco derecho de la vanguardia del Cuerpo de Exploración. Sus integrantes creen que recibirán órdenes de retirarse, pero en su lugar les indican que deben cambiar el rumbo, seguir adelante y completar el plan. Mientras tanto, el Titán Hembra sigue atacando a los miembros del cuerpo para romper su formación.

El Titán Hembra pisa los talones del Escuadrón Levy, especialista en matar Titanes. A diferencia del resto de soldados, que intenta detener el avance del Titán, los integrantes del escuadrón siguen galopando sin detenerse. “¡No entiendo por qué tenemos que dejarlos morir!”, grita Eren. Al oírle, Levy responde ofreciéndole una elección.

A costa de numerosos sacrificios, la avanzadilla del Cuerpo de Exploración finalmente logra atrapar al Titán Hembra en el bosque. La mayoría de los soldados, que ignoraba cuál era el verdadero plan, descubre las verdaderas razones que mueven a Erwin. El Titán Hembra, inmovilizado por completo, lanza un aterrador grito.

El Titán Hembra desaparece en medio de una nube de vapor tras permitir que el resto de Titanes la devore. La persona que estaba en su interior escapa mezclándose con el resto de soldados al llevar el uniforme del Cuerpo de Exploración y continúa en pos de Eren. Alcanza al grupo que defendía a Eren mientras se dirigía de vuelta y se transforma de nuevo en Titán Hembra ante los ojos del chico.

Mikasa persigue al Titán Hembra para intentar rescatar a Eren. Levy alcanza a Mikasa y la detiene antes de que ataque, recordándole que su objetivo es rescatar a Eren. Los movimientos de Levy son tan rápidos que no parecen humanos y pronto logra inmovilizar al Titán Hembra, pero en el momento en que Mikasa se lanza para acabar con ella...

La 57ª Expedición más allá de los muros era una operación para capturar al enemigo que se oculta entre la humanidad, una persona con la habilidad de convertirse en Titán y romper los muros. Sin embargo, el plan del Cuerpo de Exploración acaba en fracaso y a Erwin y el resto de los responsables se les convoca a la capital para ser juzgados y para entregar a Eren.

Siguiendo el plan trazado por Armin, Eren, Mikasa y Armin consiguen atraer a Annie hasta la entrada de un túnel subterráneo. Annie se da cuenta de la intención de Armin, se transforma en Titán y trata desesperadamente de capturar a Eren. Acosados por el Titán Hembra Annie, los tres se refugian en el túnel y Eren trata de convertirse en Titán para protegerlos.

El Titán Eren persigue al Titán Hembra (Annie) y ambos Titanes se enfrentan en un violento combate. Stohess se convierte en el escenario de su lucha y los daños que se producen son cuantiosos. El comandante de la Policía Militar Nile responsabiliza a Erwin y, cuando este responde que es “para conducir a la humanidad hacia la victoria”, Nile le amenaza con su arma.