Sa series premiere, babangga sina Mason Kane at Nadia Sinh—top agents ng Citadel, sa bagong sindikatong Manticore, na magsasanhi ng malaking sakuna. Walong taon ang lilipas, tahimik nang namumuhay si Mason Kane bilang "Kyle Conroy" na walang alaala sa nakaraan niya. Isang dating kasamahan ang hihingi sa kanya ng tulong para pigilan ang Manticore sa pagsisimula ng isang bagong world order.

Pupunta sina Kyle at Bernard sa New York City para nakawin ang Citadel X Case sa headquarters ng Manticore bago mahuli ang lahat. Sa bandang huli, matutuklasan ni Kyle na buhay pa ang isang tao mula sa kanyang nakaraan at itataya niya ang lahat upang mahanap siya.

Habang patungo sa dating safehouse, lilitaw ang mga piraso ng mga alaala sa dating buhay nina Kyle at Nadia. Matutuklasan nilang bihag sa isang facility sa Morocco ang isang dating kaalyadong maaring susi sa pagpigil sa Manticore. Para mailigtas siya kakailanganin muna nila ang tulong ng isang crime boss doon. Subalit manganganib ang misyon nila nang mabulgar ang mga lihim ng kanilang nakaraan.

Matapos ang rebelasyon sa dating identity ni Abby, malalaman natin ang komplikadong relasyon sa pagitan nina Mason, Nadia, at Celeste, at ang mabigat na desisyong umaalingawngaw pa rin sa kasalukuyan. Samantala, isusugal nina Nadia at Kyle ang buhay nila sa Morocco upang iligtas ang dating kasamahan. Magtatagumpay sila subalit mapipilitan silang harapin ang isang mapanganib na akusasyon.

Mapipilitang magtulungan sina Nadia, Kyle, at Carter upang takasan ang Manticore at protektahan ang X Case, subalit hahantong ang patuloy na paghihinala ng isa sa kanila tungo sa isang maaksyong pagtutuos.

Sa matinding pagtatapos, kung saan bihag ng Manticore ang isa sa kanila, itataya nina Kyle, Nadia, at Carter ang lahat upang iligtas siya at pigilan ang Manticore na magkaroon ng nuclear weapons. Sa pakikipagsapalaran nila sa bantang nukleyar, malalantad ang katauhan ng mole sa loob ng Citadel, at ang kakila-kilabot na katotohanan na pawang kasinungalingan lamang ang lahat ng kanilang nalalaman.