I premiäravsnitet kämpar Mason Kane och Nadia Sinh - agenter för spionorganisationen Citadel - mot ett ondskefullt syndikat - Manticore - vilket leder till katastrof. Åtta år senare lever Mason Kane ett lugnt liv som "Kyle Conroy" utan något minne av sitt förflutna. Tills en dag en gammal kollega ber honom om hjälp för att stoppa det mäktiga Manticore från att skapa en ny världsordning.

Kyle och Bernard reser till New York för att stjäla Citadels X-väska från Manticores högkvarter innan det är för sent. Senare får Kyle veta att någon från hans förflutna fortfarande lever och han riskerar allt för att hitta dem.

När Kyle och Nadia hamnar i ett gammalt gömställe kommer små ledtrådar om deras tidigare liv tillsammans upp till ytan. Snart upptäcker de att en tidigare allierad som kan vara nyckeln till att stoppa Manticore sitter fången i Marocko. För att rädda honom måste de först få hjälp av en lokal maffiaboss. Men deras uppdrag äventyras när hemligheter från det förflutna grävs fram.

Efter avslöjandet om Abbys tidigare identitet får vi veta om de tidigare förvecklingarna mellan Mason, Nadia och Celeste, och om ett fruktansvärt beslut som fortfarande har konsekvenser. Under tiden landar Nadia och Kyle på Manticore-anläggningen i Marocko och riskerar sina liv för att befria sin spionkollega. Men deras tid som hjältar blir kortvarig då de tvingas ta itu med en farlig anklagelse.

Nadia, Kyle och Carter tvingas samarbeta för att fly från Manticore och skydda X-väskan, men misstankarna mot en av våra hjältar kulminerar i en explosiv uppgörelse.

I den episka säsongavslutningen, riskerar Kyle, Nadia och Carter allt för att rädda en av sina egna som hålls som gisslan av Manticore, och förhindra Manticores planer på att skaffa kärnvapen. Medan våra hjältar kämpar mot kärnvapenhotet kommer identiteten på mullvaden inom Citadel att avslöjas, liksom den fruktansvärda sanningen att allt de vet är en lögn.