Dalam serial perdana, Mason Kane dan Nadia Sinh – agen teratas dari organisasi mata-mata independen Citadel – berhadapan dengan sindikat baru yang jahat – Manticore – membuat bencana. Delapan tahun kemudian, Mason Kane hidup dengan tenang sebagai "Kyle Conroy", tanpa ingat masa lalunya. Kemudian seorang kolega lama meminta bantuannya untuk menghentikan Manticore yang berbahaya.

Kyle dan Bernard melakukan perjalanan ke New York City untuk mencuri Tas Citadel X dari Markas Besar Manticore sebelum terlambat. Belakangan, Kyle mengetahui bahwa sosok dari masa lalunya masih hidup dan dia mempertaruhkan segalanya untuk menemukan mereka.

Kyle dan Nadia mendarat di rumah persembunyian tua, petunjuk kecil tentang kehidupan masa lalu mereka muncul. Mereka menemukan mantan sekutu yang mungkin menjadi kunci untuk menghentikan Manticore dipenjara di sebuah fasilitas di Maroko. Untuk menyelamatkannya, pertama-tama mereka harus meminta bantuan bos kriminal setempat. Tapi misi mereka dikompromikan karena rahasia masa lalu digali.

Setelah identitas Abby terungkap, kita tahu keterikatan masa lalu antara Mason, Nadia, dan Celeste, dan keputusan mengerikan yang terasa nyata. Sementara itu, Nadia dan Kyle mendarat di kompleks Manticore di Maroko dan mempertaruhkan nyawa untuk membebaskan rekan mata-mata mereka. Tapi sambutan pahlawan mereka hanya sebentar karena mereka harus berhadapan dengan tuduhan berbahaya.

Nadia, Kyle, dan Carter terpaksa bekerja sama untuk melarikan diri dari Manticore dan melindungi Kasus X, tetapi kecurigaan terhadap salah satu pahlawan kita mencapai titik didih, yang mengarah ke perhitungan yang eksplosif.

Di akhir season luar biasa ini, salah satu dari mereka disandera oleh Manticore, Kyle, Nadia, dan Carter berusaha untuk menyelamatkan mereka dan menggagalkan rencana Manticore untuk memperoleh senjata nuklir. Saat para pahlawan kita bergulat dengan ancaman nuklir, identitas mata-mata Citadel akan terungkap, begitu pula kebenaran mengerikan bahwa semua yang mereka ketahui adalah kebohongan.