在本季首集里，独立间谍机构堡垒的顶级特工梅森凯恩和纳迪亚辛格与邪恶的新犯罪集团曼提柯尔发生冲突，导致灾难发生。八年后，梅森凯恩以“凯尔康罗伊”的身份过着平静的生活，对自己的过去毫无记忆。直到有一天，一位老同事前来寻求帮助，阻止如今强大的曼提柯尔建立新的世界秩序。

凯尔和伯纳德前往纽约市，想在为时已晚之前从曼提柯尔总部偷走堡垒的X箱子。之后凯尔得知他过去生活中的一个人还活着，便冒着一切危险去寻找。

凯尔和纳迪亚来到一个古老的安全屋，关于他们过去一起生活的小线索浮出水面。很快，他们发现一名可能是阻止曼提柯尔的关键的前盟友被囚禁在摩洛哥的某处。为了营救此人，他们首先必须寻求当地犯罪头目的帮助。但随着过去的秘密被揭露，他们的任务受到了影响。

艾比过去的身份令人震惊地被揭露后，我们了解到梅森、纳迪亚和塞莱斯特过去的纠葛，以及一个至今仍在产生影响的可怕决定。与此同时，纳迪亚和凯尔降落在摩洛哥的曼提柯尔场地，冒着生命危险解救他们的间谍同伴。但对英雄的欢迎是短暂的，因为他们被迫应对一项危险的指控。

纳迪亚、凯尔和卡特被迫联手逃离曼提柯尔并保护X箱子，但对我们其中一位英雄的怀疑达到了沸点，导致了一场爆炸性的清算。

在本季史诗般的末集，一个自己人被曼提柯尔扣为人质，凯尔、纳迪亚和卡特冒着一切风险解救此人并挫败曼提柯尔获取核武器的计划。当我们的英雄们与核威胁作斗争时，堡垒内奸的身份将被揭露，而另一个会被揭露的可怕真相就是：他们所知道的一切都是谎言。