Il capitano Dylan Hunt, della Confederazione dei Sistemi, assieme alla sua astronave Andromeda Ascendant, rimane intrappolato in un buco nero per 300 anni. Al suo risveglio la Confederazione si è disgregata. L'Andromeda Ascendant viene recuperata da un gruppo di mercenari. Così, Dylan, Beka, Trance stringono un accordo e intraprendono un viaggio per far rinascere la Confederazione.
