De retour de leurs vacances des plus « reposantes » sur l'île d'Okinawa, la classe 3 - E réintègre leur école pour un nouveau semestre. Entre l'obtention de leur diplôme, leur mission d'assassinats et le directeur, Gakuhô Asano qui n'est pas près de les laisser tranquille, cette rentrée promet de ne pas être de tout repos !
