Shinji vaknar efter 14 år ombord på stridsskeppet AAA Wunder som tillhör en anti-NERV-organisation grundad av tidigare NERV-medlemmar. Shinji hör Reis röst komma från EVA Mark 09 som skickades för att rädda honom, så han lämnar Wunder och beger sig till NERV. Kaworu Nagisa visar Shinji det transformerade landet. Han får reda på att räddandet av Rei orsakade katastrofala skador på Jorden.
