Shinji, 14 yıl sonra eski NERV üyelerinin kurduğu NERV karşıtı bir örgüte ait AAA Wunder’da uyanır. Shinji, Eva Mark 09’dan onu kurtarmak için gönderilen Rei’nin sesini duyar, böylece Wunder’dan ayrılıp NERV’e gider. Kaworu Nagisa, Shinji’ye değişmiş toprakları gösterir. Rei’yi kurtarmanın Dünya’ya yıkıcı hasar veren Yakın Üçüncü Darbe’yi tetiklediğini öğrenir.
