En 2029, el mundo informatizó. Los datos fluyen a través de redes corporativas y el cerebro puede recibir todo el flujo de información. Además, el intercambio de miembros se volverá común y avanzado, fácilmente reemplazado por un cuerpo cibernético. Es en este universo que el comandante Motoko Kusanagi y su equipo combaten los delitos de ciberterrorismo y deben detener al maestro títere.