L'Esercito delle 12 scimmie

27 anni dopo che un virus ha spazzato via gran parte dell'umanità, alcuni scienziati rimandano un uomo (James Cole) nel 2015 per impedire il verificarsi dell'epidemia. L'unica pista per Cole è una virologa (dott.ssa Cassandra Railly) che conosce la pericolosa fonte dell'epidemia.

La pista di una misteriosa organizzazione chiamata "Esercito delle 12 Scimmie" porta Cole in un ospedale psichiatrico del 2015, dove una paziente sa dove è custodito il virus che distruggerà il mondo. Intanto, pur essendo stata avvertita che il suo coinvolgimento potrebbe cambiare il corso della Storia, la dott.ssa Railly rischia la vita per aiutarlo.

La ricerca dell'ubicazione del virus porta Cole nel 2014, dove una pericolosa epidemia ad Haiti segna un momento devastante nella vita della dott.ssa Railly.

Una lotta per il futuro si verifica quando una pericolosa banda di predoni a caccia di Cole e Ramse minaccia la missione di salvare il passato.

Cole e la dott.ssa Railly affrontano l'Esercito delle Dodici Scimmie nella Stanza della Notte, un laboratorio segreto distaccato che ospita il virus destinato a distruggere il mondo.

Dopo che i tragici eventi della Stanza della Notte creano una realtà alternativa nel 2043, Cole rischia il suo futuro per salvare la dott.ssa Railly.

Cole, la Railly e Aron lottano per impedire l'impiego del virus come arma biologica in Cecenia.

Il Nucleo che alimenta la macchina del tempo si sta esaurendo. Per riportare Cole nel presente, la Jones deve convincere i suoi ex colleghi dell'operazione militare "Spearhead" a salvare la sua missione.

Cole si ritrova nel 2017 durante il culmine dell'epidemia. Non avendo alternative, la Jones affronta l'impossibile scelta di sostituire il Nucleo.

Lo scontro è inevitabile, quando Ramse fa una scelta per proteggere la sua nuova famiglia, obbligando Cole ad affrontarne le conseguenze.

L'ultimo disperato tentativo di Cole di fermare l'Esercito delle 12 Scimmie lo porta a Tokyo nell'anno 1987.

Mentre Cole è ridotto in fin di vita dai viaggi nel tempo, la Railly deve trovare la sola persona che possa salvarlo.

Nel finale di stagione, Cole e la Railly cercano un ultimo confronto con i loro nemici più vicini e la Jones affronta una nuova minaccia a tutto ciò che ha realizzato.