Nadat de ninja's het Vervloekte Rijk vernietigden en Ninjago hebben gered, vinden ze nieuwe roem. Maar ze moeten voorzichtig zijn, want een nieuw kwaad dat Nadakhan de Geest heet, is bevrijd, waarmee een nieuwe periode van piraterij is begonnen.

De ninja's moeten zoveel als ze kunnen te weten komen over Nadakhan voor hij het Kristallen Rijk vindt om zijn ploeg te redden, maar nadat de ninja's als vijanden worden bestempeld van de wereld die ze vroeger beschermden, worden onze vrienden opgejaagd door hun oude vriend, Ronan.

Ten onrechte gevangengenomen zitten de ninja's op een dieptepunt, maar ze vinden een onverwachte vriend in een oude vijand. Ondertussen redt Nadakhan zijn gestrande ploeg en krijgt een nieuw inzicht samen met een nieuw, mysterieus plan.

De ninja's liggen op ramkoers: om te kaart te vinden om Nadakhan tegen te houden, moeten ze hem eerst vinden. Ondertussen doet Jay een wens om zijn toekomst te veranderen, maar dat kan zijn verleden voorgoed veranderen.

De ninja's zetten koers naar een gevaarlijk eiland om het enige ding dat Nadakhan kan tegenhouden te vinden. Ondertussen ontdekken de Sky Pirates het meesterplan, en een groot geheim van de ninja's wordt blootgesteld.

Gevangen gehouden op Misfortune's Keep wordt Jay getest terwijl Nadakhan alles doet wat hij kan om zijn wil te breken en zijn eindwens te zeggen. Ondertussen proberen de gestrande ninja's van het eiland te ontsnappen.

De laatste overgebleven ninja's infiltreren de Sky Pirates in een poging Jay te redden en Nadakhan voor eens en altijd te verslaan.

Wanneer de laatste twee overgebleven ninja's bewaakt worden op een plaats waar niemand zou durven kijken, ontdekken de Sky Pirates hun verblijf en vallen aan op zoek naar degene die de macht heeft om Nadakhans volle potentieel vrij te geven.

De enig overgebleven ninja krijgt hulp van oude bondgenoten om Nadakhans ceremonieel huwelijk tegen te houden.

Terwijl Nadakhan een oneindig aantal wensen krijgt, heeft Jay er maar één.